Kobato Hanato ist die Protagonistin der Geschichte, eine mysteriöse junge Frau, die auf die Erde kommt, mit der Mission, die Herzen leidender Menschen zu heilen. Indem sie deren emotionalen Schmerz lindert, sammelt sie kristallisierte Fragmente geheilter Herzen, die die Form von Konpeito-Bonbons annehmen, in einer magischen Flasche. Wenn es ihr gelingt, die Flasche zu füllen, bevor vier Jahreszeiten vergehen, wird ihr Wunsch, an einen bestimmten, geliebten Ort zu gehen, erfüllt. Ihre Herkunft ist rätselhaft; sie ist eine wandernde Seele aus einer anderen Dimension, die in einem Schwellenzustand zwischen Leben und Tod existiert. Sie hat keine Erinnerungen an ihre Vergangenheit und wird nie ohne ihren Hut gesehen, der eine Krone verbirgt, die ihre spirituelle Natur kennzeichnet.

Ihre Persönlichkeit zeichnet sich durch eine fröhliche und enthusiastische Einstellung aus, gepaart mit tiefer Unschuld und einem aufrichtigen Drang, anderen zu helfen. Sie ist ungewöhnlich hingebungsvoll, aber auch bemerkenswert tollpatschig und naiv, oft ohne gesunden Menschenverstand in Bezug auf die menschliche Welt und stolpert über ihre eigenen Füße. Die Hauptmotivation, die ihr Handeln antreibt, ist der verzweifelte Wunsch, ihre Flasche zu füllen, um den Ort zu erreichen, nach dem sie sich sehnt. Eine strenge Regel ihrer Mission verbietet es ihr, sich in jemanden zu verlieben, dessen Herz sie heilt, was einen zentralen inneren Konflikt begründet.

In der Geschichte übernimmt Kobato die Rolle einer Assistentin in der Yomogi-Kinderkrippe, einer kämpfenden Tagesstätte, die von Sayaka Okiura geleitet wird, was sie im alltäglichen menschlichen Leben verankert. Ihre wichtigste Beziehung ist die zu Ioryogi, einem mächtigen Geist aus der Geisterwelt, der gezwungen ist, die Form eines blauen Plüschhundes anzunehmen. Er fungiert als ihr Beschützer, Mentor und Kritiker, bewertet täglich ihre Fortschritte und hegt gleichzeitig eine tiefe, beschützende Fürsorge für sie. Sie entwickelt auch eine tiefe Bindung zu Kiyokazu Fujimoto, einem zynischen Jura-Studenten, der in der Kinderkrippe arbeitet. Trotz seiner anfänglichen Härte verliebt er sich in sie, und die Erwiderung dieser Gefühle zwingt Kobato, sich direkt mit den ihr auferlegten Grenzen auseinanderzusetzen.

Kobatos bemerkenswerte Fähigkeiten sind direkt mit ihrer empathischen Natur verbunden. Sie ist eine wunderschöne Sängerin und nutzt oft ihre Stimme, um Bedrängte zu beruhigen und zu heilen. Ihre Hauptfähigkeit ist die Absorption und Kristallisation des Leidens anderer in die Flasche. Im Laufe ihrer Reise macht sie eine beträchtliche Entwicklung durch und verwandelt sich von einer tollpatschigen Außenseiterin zu einem wichtigen Mitglied der Gemeinschaft. Während sie nach und nach Fragmente ihrer verlorenen Erinnerungen wiedererlangt, enthüllt sie die Wahrheit über ihre eigene tragische Vergangenheit und die Verbindung zwischen ihrer Seele und Ioryogi, und steht schließlich vor einer entscheidenden Wahl zwischen der Erfüllung ihres Wunsches und der Annahme der Liebe und des Lebens, die sie gefunden hat.