Jose, in der englischen Version als Jakob bekannt, ist ein Hauptantagonist in der zweiten Staffel des Animes. Er ist einer der Drei Reinen Adligen, auch als die Drei Kaiser von Yliaster bezeichnet, und dient zusammen mit seinen Kameraden Lester und Primo. Jose ist der Anführer dieses Trios und fungiert als Vorgesetzter der Gruppe, da er das weiseste und methodischste Mitglied ist. Sein Ursprung ist mit einer düsteren Zukunft verbunden, in der die Menschheit durch die Energiequelle namens Ener-D fast ausgelöscht wurde. Er ist eine Verkörperung der Verzweiflung, insbesondere der Verzweiflung des Alters, da er zusammen mit Lester und Primo, die Kindheit bzw. Jugend repräsentieren, aus dem Zukunftüberlebenden Aporia erschaffen wurde.

In Bezug auf das Erscheinungsbild ist Jose eine imposante Figur, über zwei Meter groß mit einem massiven, muskulösen Körperbau, der ihn von seinen kleineren Gefährten unterscheidet. Er hat runzlige Haut, einen langen, vaterzeitartigen grauen Bart und eine übermäßig gewachsene rechte Augenbraue, die sein Auge bedeckt. Er ist kahl und sein sichtbares linkes Auge ist gelb. Er trägt einen weißen Umhang mit Kapuze in einem dunkelgoldenen Farbschema, einen roten Edelstein über seinem rechten Auge und eine markante graue Gesichtsmaske mit einem Unendlichkeitssymbol, die seine Stimme dämpft. Unter seinem Umhang befindet sich ein Brustpanzer mit einem ähnlichen Unendlichkeitssymbol. Sein Bauch kann sich öffnen, um ein eingebautes Duell-Display freizulegen, und sein Duel Runner ist in einem Fach verstaut, aus dem er hervorkommen kann.

Josés Persönlichkeit ist geprägt von seiner berechnenden Geduld und Weisheit. Er bewegt sich langsam und plant jede Handlung akribisch, mit großer Toleranz gegenüber Hindernissen und der Ungeduld seines Teamkollegen Primo, der oft versucht, seine eigenen aggressiven Strategien zu verfolgen. Trotz seiner ruhigen Fassade hegt Jose eine tiefe Verachtung für die Menschheit und betrachtet die Menschen als arrogant, kurzsichtig und ständig auf Yliasters Führung angewiesen, um auf dem von ihm für richtig gehaltenen Weg zu bleiben. Diese Kälte erstreckt sich auch auf Personen, denen er geschadet hat; so rechtfertigt er den Mord an Sherry LeBlancs Eltern als notwendige Korrektur der Geschichte und stellt kalt fest, dass er sich nicht an die Tat selbst erinnert. Er ist in der Lage, über sich selbst nachzudenken, indem er seine jüngeren Gefährten beobachtet, sich an seine eigene ungestüme Jugend erinnert, während er Lester beobachtet, oder bemerkt, wie er Primos rücksichtslose Arroganz überwunden hat.

Das Hauptmotiv von Jose ist die Vollendung des Großen Plans, eines von Yliaster orchestrierten Vorhabens, um einen katastrophalen Fehler in der Geschichte zu korrigieren: die Erschaffung von Ener-D. Sein Ziel ist es, diese Energiequelle zu löschen, von der er glaubt, dass sie zur Zerstörung der Menschheit führen wird. Um dies zu erreichen, inszeniert er Ereignisse, um einen Unendlichkeitskreis zu vervollständigen. Anders als Primo, der rohe Gewalt und eine Armee von Duellrobotern einsetzen will, glaubt Jose, dass der beste Weg, den Kreis zu vervollständigen, darin besteht, das World Racing Grand-Prix-Turnier zu nutzen, um die Macht der Unterzeichner und ihrer mächtigen Synchro-Monster anzuziehen und zu nutzen.

In der Geschichte fungiert Jose als der Meisterstratege, der weitgehend im Hintergrund agiert. Er wird zum ersten Mal zusammen mit seinen Kameraden gesehen, als sie sich als die neuen Direktoren der Sektorsicherheit vorstellen. Er plädiert während des WRGP für einen geduldigen Ansatz und nutzt das Turnier als Köder. Als Primo mit seiner Duellroboterarmee ausbricht, kontert Jose mit einem ausgeklügelten Plan, der einen Betrüger namens Jack Atlas beinhaltet, um die Macht des Karmesinroten Drachen zu testen und mehr vom Großen Plan zu aktivieren. Nachdem Primo von Yusei Fudo besiegt wurde, stellt sich Jose persönlich den Unterzeichnern, enthüllt seine Identität als Anführer der Drei Kaiser und seinen wahren Plan, die Geschichte zurückzusetzen, indem er New Domino City zerstört. Er demonstriert seine immense persönliche Macht, indem er Sherry LeBlanc und ihren Leibwächter im Kampf mühelos besiegt und schließlich seine eigene Maschinenkaiser-Tafel erhält.

Josés wichtigste Beziehungen sind zu seinen Mitkaisern Lester und Primo. Obwohl sie ein gemeinsames Ziel verfolgen, ist die Dynamik oft angespannt. Jose fungiert als Vorgesetzter und Gegenpol zum hitzköpfigen Primo, den er oft zurückhalten oder korrigieren muss. Er betrachtet Lester mit einer gewissen Geduld und sieht in dem Jungen sein eigenes jüngeres Ich. Alle drei entpuppen sich letztlich als Fragmente einer einzigen Person, Aporia. Dies ist der Höhepunkt von Josés Entwicklung; nachdem er in einem Duell gegen Team 5D's an seine Grenzen getrieben wurde, verschmilzt er seinen Körper mit den beschädigten Formen von Primo und Lester, um ihre ursprüngliche Form, Aporia, in einem letzten Versuch, ihr Ziel zu erreichen, wiederherzustellen.

Jose besitzt mehrere bemerkenswerte Fähigkeiten, die über das Standardduell hinausgehen. Er verfügt über immense körperliche Stärke, kann trainierte Kämpfer mit einem Arm besiegen und Fahrzeuge mit bloßen Händen zerstören. Er zeigt auch Telekinese, mit der er schwere Gegenstände bewegen und fallende Steintafeln mit seinem Verstand stoppen kann. Wie Primo kann er seinen eigenen Körper mit seinem speziellen Duel Runner verschmelzen, um eine mächtigere Form zu werden, die an sein Maschinenkaiser-Monster Granel erinnert. In einem Duell ist er ein linkshändiger Spieler, der ein Meklord-Kaiser-Deck verwendet und sich auf sein Ass-Monster Meklord-Kaiser Granel konzentriert. Sein Duellstil ist rücksichtslos; er kann die Angriffskraft besiegter Monster absorbieren und hat gezeigt, dass er seinen Gegnern während eines Turbo-Duells echte physische Schäden zufügt.