Marik Ishtar wird als Gründer und Anführer der Seltenen Jäger eingeführt, einer Organisation von Duellanten, die ihm treu ergeben sind. Er ist der jüngere Bruder von Ishizu Ishtar und der adoptierte jüngere Bruder von Odion, und er ist der letzte Nachkomme des Clans der Grabwächter. Seine Familie hat die Geheimnisse des Pharaos über Generationen hinweg bewahrt, und Marik wuchs in Isolation im Grab auf, wo er die alten Lehren erlernte. Seine Kindheit war geprägt von einem traumatischen Initiationsritual, bei dem sein Vater die Geschichte des Pharaos in seinen Rücken ritzte. Diese Erfahrung erfüllte Marik mit tiefer Wut und Groll und ließ eine zweite, dunklere Persönlichkeit entstehen, bekannt als Yami Marik, in der japanischen Version auch Dark Marik genannt. Anders als Yami Yugi oder Yami Bakura war Yami Marik keine uralte Entität, die in einem Millennium-Gegenstand versiegelt war; er wurde rein aus Mariks eigenem Schmerz, Hass und Leid geboren. Nachdem Marik und Ishizu heimlich das Grab verließen, um Kairo zu besuchen, kehrten sie zurück und fanden ihren Vater dabei, Odion zu töten, weil er für sie gedeckt hatte. Die Wut, die dies auslöste, ließ Yami Marik zum ersten Mal hervortreten. Mit dem Millennium-Stab tötete Yami Marik ihren Vater und bereitete sich darauf vor, Odion zu töten, aber Marik gelang es, die Kontrolle zurückzugewinnen, ohne Erinnerung an das Ereignis. Der Geist Shadi erschien dann und sagte, der Pharao habe den Tod des Vaters gewollt, was Marik glauben ließ, der Pharao sei verantwortlich. Dieser Glaube schürte seinen Wunsch nach Rache.

Marik Ishtar ist gerissen, berechnend und getrieben von einer persönlichen Vendetta gegen den Pharao, den er für das Leiden seiner Familie verantwortlich macht. Er ist zutiefst strategisch und manipuliert Ereignisse hinter den Kulissen während des Battle-City-Turniers, um die drei ägyptischen Götterkarten zu erlangen. Trotz seiner böswilligen Handlungen sorgt er sich aufrichtig um seinen Adoptivbruder Odion, und diese Bindung ist ein zentraler Bestandteil seines Charakters. Yami Marik hingegen ist pure Grausamkeit, Wahnsinn und Sadismus. Ihm fehlt Empathie, und er genießt es, anderen Schmerz zuzufügen, wobei er oft seine Schattenkräfte einsetzt, um Duellmonster real werden zu lassen, damit seine Gegner physische Folter erleiden. Sein Duelldeck ist um folterthematische Karten herum aufgebaut. Während Mariks Ziel Rache und Macht gegen den Pharao ist, sind Yami Mariks Hauptwünsche, frei in der Außenwelt zu existieren und um des Leidens willen Leid zu verbreiten. Er betrachtet sich selbst als den wahren Marik und zeigt kein Interesse an der Geschichte oder den Motivationen, die sein ursprüngliches Ich antreiben.

Der Handlungsbogen von Marik Ishtar und Yami Marik ist zentral für das Battle-City-Turnier und dessen Finale. Marik nimmt unter dem Decknamen Namu am Turnier teil, schickt seine Seltenen Jäger aus, um Ishizu die Götterkarten zu stehlen und den Pharao herauszufordern. Er besitzt den geflügelten Drachen von Ra, eine der drei ägyptischen Götterkarten, und benutzt den Millennium-Stab, um andere zu kontrollieren. Als Odion nach dem Versuch, eine gefälschte Ra-Karte zu verwenden, ins Koma fällt, erlangt Yami Marik die dauerhafte Kontrolle über Mariks Körper und wird zum Hauptantagonisten der Battle-City-Finals. Von diesem Punkt an besiegt Yami Marik mehrere Gegner in brutalen Schattenspielen, darunter ein verheerendes Duell gegen Mai Valentine und ein Match gegen Joey Wheeler, das endet, als Joey vor Erschöpfung zusammenbricht. Yami Marik besiegt später Yami Bakura in einem inoffiziellen Duell und nimmt den Millennium-Ring an sich. Die letzte Konfrontation findet statt, als Yugi Muto und Yami Yugi gegen Yami Marik duellieren. Während dieses Duells gelingt es Mariks ursprünglicher Persönlichkeit mit Odions Hilfe, die Kontrolle über seinen Körper zurückzugewinnen, sodass Marik Yami Marik vertreiben und ins Schattenreich schicken kann. Danach ergibt sich Marik, gibt Yugi seine Karte des geflügelten Drachen von Ra und beginnt einen Weg der Erlösung.

Wichtige Beziehungen definieren beide Persönlichkeiten. Mariks Bindung zu seiner Schwester Ishizu ist komplex, geprägt von Liebe und Konflikt, da Ishizu den Pharao beschützen will, während Marik Rache sucht. Seine Beziehung zu Odion ist die wichtigste: Odion ist Marik gegenüber äußerst loyal, und Mariks aufrichtige Fürsorge für Odion ist die Hauptschwäche, die Yami Marik ausnutzt. Yami Bakura dient Yami Marik als vorübergehender Verbündeter aus Bequemlichkeit, aber die beiden misstrauen einander und wenden sich letztlich gegeneinander. Die Beziehung zwischen Marik und Yami Marik ist eine des inneren Kampfes, wobei Marik schließlich die Wahrheit über den Tod seines Vaters erfährt und erkennt, dass Yami Marik dafür verantwortlich war, nicht der Pharao. Dieses Wissen ermöglicht es Marik, Abschluss zu finden und gegen seine dunkle Hälfte zu kämpfen.

Marik Ishtars Charakter entwickelt sich von einem rachsüchtigen Antagonisten, der von einem falschen Glauben getrieben wird, zu einem reumütigen jungen Mann, der sich dafür entscheidet, Macht aufzugeben und einen neuen Weg zu suchen. Yami Marik hingegen bleibt statisch als Verkörperung von Hass und Grausamkeit, und seine Niederlage repräsentiert Mariks Triumph über seine eigene innere Dunkelheit. Zu den bemerkenswerten Fähigkeiten von Marik gehört das Führen des Millennium-Stabs, der Gedankenkontrolle, Zugang zu Schattenspielen und die Fähigkeit, die ägyptischen Götterkarten, insbesondere den geflügelten Drachen von Ra, zu nutzen, gewährt. Er ist ein hochqualifizierter Duellant mit umfangreichem Wissen über altägyptische Magie. Yami Marik teilt diese Fähigkeiten, verstärkt sie jedoch mit seiner Schattenkraft, die es ihm ermöglicht, physischen Schmerz und Folter durch Duelle zu manifestieren. Er hat auch ein tieferes Wissen über Ras spezielle Fähigkeiten als Marik und nutzt dessen verschiedene Formen wie Kugelmodus und Phönixmodus. Yami Mariks Persönlichkeit ist überheblich, und er verlässt sich stark auf seine Schattenkräfte, was letztlich zu seinem Untergang führt, als Marik die Kontrolle zurückgewinnt.