Nagiko Hojo ist eine Nebenfigur im Anime Shangri-La. Sie ist die Großmutter von Kuniko Hojo und leitet die regierungsfeindliche Organisation Metal Age. Streng und zurückhaltend legt Nagiko großen Wert auf Lernen und traditionelles Wissen und bevorzugt Bücher gegenüber dem Internet als Informationsquellen. Ihre Persönlichkeit steht im Gegensatz zur energischen und rebellischen Art ihrer Enkelin, und sie wünscht sich, dass Kuniko die nächste Anführerin von Metal Age wird, obwohl Kuniko kein Interesse an dieser Position hat.

Nagikos Hintergrund offenbart eine verborgene und einflussreiche Vergangenheit: Sie war die ursprüngliche Gründerin und erste CEO der Atlas Corporation, der Einrichtung, die für das Atlas-Projekt verantwortlich ist, eine futuristische Stadt, die als Zufluchtsort für eine ausgewählte Gruppe gebaut wurde. Sie sicherte sich die Finanzierung durch den wohlhabenden Geschäftsmann Sergei Talsian, um diese Stadt zu bauen, die als Wohnort für ihre Nachkommen dienen sollte. Diese geheime Verbindung zu Atlas, einem Projekt, das die unterdrückerische Kluft zwischen der Elite und der Masse symbolisiert, führt jedoch zu einem großen Konflikt, als Kuniko die Wahrheit entdeckt. Da sie keine zufriedenstellende Erklärung erhält, ist Kuniko gezwungen, ihre Großmutter aus dem Hauptquartier von Metal Age in Duomo zu vertreiben.

Trotz dieses Zerwürfnisses taucht Nagiko später wieder auf und hilft ihrer Enkelin, indem sie mit der Atlas-Administratorin Ryoko verhandelt, um den Bewohnern der Oberfläche vorübergehend Schutz in der Stadt zu gewähren. Diese Unterstützung ermöglicht es Metal Age, einen Plan zur Verbrennung Tokios und zur Auslöschung der gefährlichen Daedulus-Entität umzusetzen. Nagikos Motivationen scheinen in einer langfristigen Vision für das Überleben der Menschheit verwurzelt zu sein, selbst wenn ihre Methoden Geheimhaltung und Kompromisse beinhalten. Sie erweist sich als fähige Stratege und Verhandlerin, die ihre historische Rolle als Gründerin von Atlas nutzt, um Ereignisse zu beeinflussen. Obwohl sie aufgrund ihres autoritären Auftretens und ihrer verborgenen Agenda zunächst als Antagonistin erscheint, zeigen ihre späteren Handlungen eine Bereitschaft zur Versöhnung und zur Unterstützung des Gemeinwohls. Ihre bemerkenswerten Fähigkeiten liegen nicht im physischen Kampf, sondern in ihrem Intellekt, ihrer Weitsicht und Führungsstärke sowie ihrem tiefen Wissen über die politischen und infrastrukturellen Systeme, die der Welt von Shangri-La zugrunde liegen.