Neo Lorrnoke wird in Mobile Suit Gundam Seed Destiny als Oberst der Erdallianz-Streitkräfte und maskierter Kommandeur der 81. Autonomen Mobiltruppe, einer Spezialeinheit namens Phantom Pain, eingeführt. Seine wahre Identität ist die von Mu La Flaga, einem Piloten, von dem man annahm, er sei während der letzten Schlacht des Ersten Allianz-PLANT-Krieges getötet worden, als er das Schiff Archangel vor einem Angriff schützte. Schwer verletzt und unter Gedächtnisverlust leidend, wurde er von der Erdallianz geborgen und erhielt die erfundene Identität Neo Lorrnoke. Er hat keine Erinnerung an sein früheres Leben, einschließlich seiner früheren Kameraden und seiner engen Beziehung zu Murrue Ramius.

Als Kommandeur wirkt Neo distanziert und schwer fassbar, ist aber seiner militärischen Pflicht äußerst treu und führt seine Befehle mit ruhiger und gefasster Haltung aus. Er genießt das Vertrauen und den Respekt der drei Extended-Piloten unter seinem Kommando, Sting Oakley, Stella Loussier und Auel Neider, die ihn als zuverlässigen Anführer betrachten. Obwohl er im Kampf rücksichtslos und gerissen sein kann, zeigt er ein gewisses Maß an Mitgefühl für die Extended-Piloten, die von der Erdallianz ansonsten wie Wegwerfmaterial behandelt werden.

Neo erhält direkte Befehle von Lord Djibril und führt Phantom Pain bei Operationen gegen ZAFT und das zivile Schiff Archangel an. Auf der Erde fliegt er einen markanten lila GAT-04 Windam und im Weltraum den TS-MA4F Exus Mobile Armor. Im Kampf zeigt er eine übersinnliche Verbindung zum ZAFT-Piloten Rey Za Burrel, eine Verbindung, die an die erinnert, die Mu La Flaga einst mit Rau Le Creuset teilte. Diese Verbindung, zusammen mit Kira Yamatos Fähigkeit, ihn zu spüren, deutet auf seine angeborenen Fähigkeiten hin, die trotz seiner Amnesie bestehen bleiben.

Seine Rolle in der Geschichte ist durch seinen Widerstand gegen seine ehemaligen Verbündeten geprägt. Er kämpft gegen die Archangel und ihre Besatzung, ohne sie zu erkennen, bis wiederholte Begegnungen mit Murrue Ramius beginnen, Fragmente seiner verlorenen Erinnerungen auszulösen. Dieser allmähliche Prozess der Erinnerungsrückgewinnung wird zu einem zentralen Teil seiner Charakterentwicklung. Als seine Vergangenheit wieder auftaucht, beginnt seine Identität als Neo Lorrnoke zu bröckeln, und schließlich gibt er seine falsche Persönlichkeit auf, um sich wieder der Besatzung der Archangel anzuschließen und seine ursprüngliche Identität als Mu La Flaga zurückzuerlangen.