Kotono Hayama ist eine 14-jährige Mittelschülerin und die zentrale Protagonistin von Saint October. Sie lebt in einer Kirche in Alkana City unter der Obhut von Joshua, einem Priester, der sie aufnahm, nachdem sie als kleines Kind ohne Erinnerung an ihre Vergangenheit ausgesetzt wurde. Kotono arbeitet zusammen mit ihrer engen Freundin und Klassenkameradin Natsuki Shirafuji im Kuroki-Detektivbüro und löst ungewöhnliche Fälle in der Stadt. Ihr gewöhnliches Leben ändert sich dramatisch, als eine Entführungsermittlung sie zu einem verlorenen Jungen namens Ewan führt, der auch als Juan bekannt ist und selbst keine Erinnerungen hat. Während einer Konfrontation mit dem Entführer verleiht Juan Kotono die Macht der Tarotkarte der Gerechtigkeit, die es ihr ermöglicht, sich in die schwarz gekleidete Gothic-Lolita-Kriegerin Loli Black zu verwandeln. In dieser Form erlangt sie erhöhte körperliche Fähigkeiten und führt ein Schwert, das sie für entscheidende finale Schläge einsetzt.

Kotono ist von Natur aus fröhlich, etwas leicht ablenkbar und gelegentlich zerstreut, besitzt jedoch ein starkes, unerschütterliches Rechtsempfinden. Ihre tiefste Motivation ist es, ihre leiblichen Eltern zu finden und zu verstehen, warum sie ausgesetzt wurde – eine Sehnsucht, die sie überhaupt erst dazu treibt, Detektivin zu werden. Aufgrund ihrer eigenen Vergangenheit empfindet sie tiefes Mitgefühl für Juan und beschützt ihn leidenschaftlich. Ihre wichtigsten Beziehungen prägen einen Großteil ihrer Reise: Joshua ist die Vaterfigur, die sie mit Freundlichkeit aufgezogen hat; Natsuki ist sowohl ihre beste Freundin als auch ihre Detektivkollegin, deren Eifersucht auf Kotonos Hingabe zu Juan schließlich einer Stärkung ihrer Bindung weicht; und später gewinnt sie eine weitere Verbündete in Misaki Hijiri, womit das Trio junger Detektive vervollständigt wird. Juan bleibt eine zentrale Figur, da seine mysteriöse Verbindung zur antagonistischen Reverse Company und der größere Plan, einen Jüngsten Tag herbeizuführen, allmählich ans Licht kommen.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Kotono von einem etwas tollpatschigen, aber aufrichtigen Waisenkind zu einer selbstbewussteren und widerstandsfähigeren jungen Frau. Sie lernt, ihr Schulleben, ihre Detektivarbeit und die Lasten ihrer magischen Fähigkeiten in Einklang zu bringen, während sie sich gleichzeitig dem Trauma ihrer Aussetzung stellt. Trotz der eskalierenden Bedrohungen, denen sie gegenübersteht, bleiben ihr Mitgefühl und ihr Vertrauen in die Gerechtigkeit unerschütterlich, und sie zeigt immer wieder den Mut, sich gegen Kräfte zu stellen, die Unschuldigen schaden oder die Welt ins Chaos stürzen wollen.