Jin Mikuriya ist der Protagonist der Geschichte und ein gewöhnlicher Oberschüler, der allein lebt, während seine Eltern beruflich verreist sind. Er ist Mitglied des Kunstclubs und hat eine besondere Empfänglichkeit für das Übernatürliche, insbesondere die Fähigkeit, die käferartigen „Unreinheiten“ zu sehen, die sich in der Stadt auszubreiten beginnen, nachdem ein heiliger Baum gefällt wurde.

Vom Aussehen her hat Jin ein jugendliches und etwas kindliches Gesicht. Ein charakteristisches körperliches Merkmal sind seine beiden „Idiotenhaar“-Antennen, die oft komisch aufstehen, wenn er schockiert oder überrascht ist.

Was die Persönlichkeit betrifft, wird Jin oft als normaler, sympathischer Teenager-Junge beschrieben, der gängige Archetypen wie einen hitzköpfigen Idioten, einen arroganten Bastard oder einen selbstgerechten Helden vermeidet. Er hat eine sarkastische Seite und spielt oft den „kleinen Nörgler“, obwohl er sich selbst ziemlich ernst nimmt. Er kann aufbrausend sein, zeigt aber auch eine bemerkenswerte „Reinheit“, die typisch für einen Jungen ist, der sich zu Frauen hingezogen fühlt, aber noch nie eine Freundin hatte. Obwohl er sich derzeit als typischer Schüler präsentiert, wird enthüllt, dass er sich in der Mittelschule aufgrund einer schwierigen Vergangenheit ziemlich danebenbenommen hat, auch wenn er nie ein echter Delinquent war.

Jins Hauptmotivation im Laufe der Geschichte ergibt sich aus seiner versehentlichen Beschwörung der Göttin Nagi. Nachdem er eine Statue aus einem heiligen Baum geschnitzt hat, zerbricht die Statue und gibt Nagi frei, eine Schutzgottheit, die behauptet, der Baum sei ihr Gefäß gewesen. Weil ihr Baum gefällt wurde, beginnen Unreinheiten die Stadt zu bedrohen, und Nagi hat viel von ihrer früheren Macht verloren. Jin ist gezwungen, ihr bei der Beseitigung dieser Unreinheiten zu helfen und sie auf ihrer Suche zu unterstützen, ihre Stärke wiederzuerlangen und ihre Identität zu entdecken. Um ihr Zusammenleben und ihren Schulbesuch zu ermöglichen, erfinden sie die Tarnung, dass sie seine lange verschollene Halbschwester ist.

Seine Rolle in der Geschichte ist die des bodenständigen Jedermanns, der das übernatürliche Chaos verankert. Anders als die Göttinnen und exzentrischen Figuren um ihn herum dient Jin als Identifikationsfigur für das Publikum und reagiert oft mit einer nachvollziehbaren Mischung aus Verdruss, Humor und Besorgnis auf die absurden Situationen, in denen er sich wiederfindet. Seine Fähigkeit, die Unreinheiten zu sehen und physisch mit ihnen zu interagieren, macht ihn zu einem notwendigen Partner für Nagi bei ihren Reinigungsaufgaben.

Wichtige Beziehungen prägen einen Großteil seiner Erfahrungen. Seine Bindung zu Nagi ist die zentrale Achse der Geschichte, die mit erzwungenem Zusammenleben beginnt und sich allmählich zu einer tiefen, wenn auch komplizierten Verbindung entwickelt, die auf Romantik hindeutet. Er hat auch eine Kindheitsfreundin, Tsugumi, die heimlich in ihn verliebt ist und oft eifersüchtig auf Nagis plötzliches Eindringen in sein Leben ist. Seine Dynamik mit der anderen Göttin, Zange, ist eher antagonistisch und verspielt, da sie versucht, Jin von Nagi wegzuverführen, um sich in ihrer Rivalität zwischen Geschwistern einen Vorteil zu verschaffen. In der Schule gehören zu seinen Freunden im Kunstclub der genrekundige Otaku Meguru Akiba und der schüchterne, einschüchternd große, aber sanfte Daitetsu Hibiki, die regelmäßig komödiantische Unterstützung bieten.

Im Laufe der Erzählung macht Jin eine bedeutende Entwicklung durch. Anfangs nur ein Junge, der mit einer bizarren Situation umgeht, wird er emotional in Nagis Wohlergehen investiert. Als Nagi in einem entscheidenden Moment der Krise wegläuft, erleidet Jin einen schweren emotionalen Zusammenbruch, der seine tiefe Abhängigkeit von ihr und seine Fürsorge für sie zeigt. Dieser Moment zwingt ihn, sich seinen Gefühlen zu stellen und sich von einem passiven Teilnehmer zu jemandem zu entwickeln, der aktiv dafür kämpft, den übernatürlichen Konflikt zu lösen, der sie betrifft.

Jin besitzt einige bemerkenswerte Fähigkeiten. Seine wichtigste übernatürliche Eigenschaft ist seine Empfänglichkeit für Unreinheiten, die es ihm ermöglicht, sie zu sehen, wenn normale Menschen es nicht können. Noch wichtiger ist, dass er die einzigartige physische Fähigkeit hat, diese Unreinheiten zu berühren und direkt zu handhaben, eine notwendige Funktion, damit Nagi sie mit ihrem Magical-Girl-Zauberstab reinigen kann. Über diese übernatürlichen Talente hinaus ist er auch ein kompetenter Koch, der oft Mahlzeiten für sich und Nagi zubereitet, da sie die Aufgabe im Allgemeinen zu lästig findet.