Makoto Itou ist der zentrale Protagonist von School Days, ein Schüler der ersten Klasse der Oberschule, der die Sakurano-Akademie besucht. Er ist sechzehn Jahre alt und lebt mit seiner geschiedenen Mutter, während seine jüngere Schwester Itaru bei ihrem Vater wohnt. Makoto ist ein im Allgemeinen sanftmütiger und geselliger Schüler, der zunächst freundlich, ungezwungen und etwas unbekümmert wirkt. Er ist eng befreundet mit Taisuke Sawanaga und Otome Katou, und mit letzterer verbindet ihn eine Freundschaft aus Kindertagen.

Zu Beginn der Geschichte verliebt sich Makoto in Kotonoha Katsura, ein schüchternes Mädchen aus einer Nachbarklasse, das er jeden Morgen im Zug sieht. Seine Sitznachbarin Sekai Saionji entdeckt sein Interesse und beschließt, ihm zu helfen, eine Beziehung mit ihr aufzubauen. Dies markiert den Beginn einer komplizierten romantischen Verstrickung, die den Kern der Erzählung bildet. Makotos Persönlichkeit ist geprägt von Unentschlossenheit und einem schwachen Willen, Eigenschaften, die ihn anfällig dafür machen, von seinen Mitmenschen beeinflusst zu werden. Als er sich mit mehreren Mädchen einlässt, durchläuft sein Charakter eine ausgeprägte Verschlechterung. Sein anfänglicher Charme und seine Geselligkeit weichen einer wachsenden Selbstsucht, Apathie und Rücksichtslosigkeit. Seine Motivationen verschieben sich von echtem romantischem Interesse zu einem überwältigenden Streben nach sexueller Befriedigung, und er beginnt, seine eigenen Wünsche über die Gefühle und das Wohlergehen anderer zu stellen. Es fällt ihm zunehmend schwer, sich auf einen einzigen Partner festzulegen, und stattdessen führt er gleichzeitige Beziehungen, wobei er lügt und betrügt.

Makotos Rolle in der Geschichte ist die eines Katalysators für die eskalierende Tragödie. Seine Entscheidungen und seine Unfähigkeit, sich den Konsequenzen seines Handelns zu stellen, sind die Haupttreiber der Handlung. Zu den wichtigsten Beziehungen gehören seine konfliktreiche Bindung zu Sekai Saionji, die als Helferin und Freundin beginnt, aber zu einer eifersüchtigen Geliebten wird, und seine sich verschlechternde Beziehung zu Kotonoha Katsura, deren fragiler Geisteszustand unter der Last seiner Verrat zusammenbricht. Er lässt sich auch auf andere Mitschülerinnen wie Setsuna Kiyoura, Hikari Kuroda und Otome Katou ein, was die emotionale Landschaft weiter verkompliziert. Als Sekai eine mögliche Schwangerschaft offenbart, verspricht Makoto zunächst Unterstützung, flieht aber schnell vor der Verantwortung – ein Moment, der seine Feigheit und emotionale Unreife kristallisiert.

Makotos Entwicklung wird als langsamer, aber stetiger moralischer Verfall dargestellt. Er beginnt als schüchterner und etwas passiver Junge, der nicht den Mut aufbringt, seine Gefühle zu gestehen, wird aber im Laufe der Zeit zu einem egoistischen und empathielosen Individuum, das diejenigen manipuliert und ausnutzt, die sich um ihn kümmern. Trotzdem zeigt er gelegentlich Anflüge von Schuldgefühlen und Versuche, den von ihm verursachten Schaden wiedergutzumachen, obwohl diese Bemühungen oft zu wenig und zu spät kommen. In der Anime-Adaption führen seine Handlungen direkt zu seinem eigenen Tod durch Sekai, die ihn in einem Anfall eifersüchtiger Wut tötet. Im ursprünglichen Visual Novel variiert sein Schicksal stark je nach den Entscheidungen des Spielers, mit Möglichkeiten, die von einer polyamoren friedlichen Lösung bis zu mehreren gewalttätigen und tragischen Enden reichen. Makoto Itou besitzt keine übernatürlichen Fähigkeiten; seine bemerkenswerten Eigenschaften sind ausschließlich sozialer und zwischenmenschlicher Natur. Er zeigt ein Maß an Charme und Ausdrucksfähigkeit, das zunächst andere anzieht, und er demonstriert im Verlauf der Geschichte eine Fähigkeit zur emotionalen Manipulation. Letztendlich werden diese Fähigkeiten jedoch von den zerstörerischen Konsequenzen seiner Entscheidungen überschattet, und seine Unfähigkeit, echte, verbindliche Beziehungen einzugehen, wird zu seiner entscheidenden Schwäche.