Masami Eiri ist eine Schlüsselfigur der Geschichte und dient als Hauptantagonist. Ursprünglich war er Computerprogrammierer bei den Tachibana General Laboratories und leitender Designer von Protocol 7, einem Internetprotokoll der nächsten Generation. Während dessen Entwicklung fügte er heimlich Code ein, der es ihm ermöglichte, das Protokoll nach Belieben zu kontrollieren, und bettete sein eigenes Bewusstsein darin ein. Diese unbefugte Handlung führte zu seiner Entlassung aus dem Unternehmen, und kurz darauf wurde sein physischer Körper tot auf einem Bahngleis aufgefunden, was wie ein Selbstmord aussah. In Wirklichkeit hatte er seine physische Form aufgegeben, um als digitale Entität im Wired, dem riesigen globalen Kommunikationsnetzwerk, zu existieren.

Eiri vertritt die feste Überzeugung, dass der einzige Weg für die Menschheit, sich weiterzuentwickeln, darin besteht, physische Einschränkungen abzulegen und als reine digitale Wesen zu leben. Er betrachtet die physische Welt als Einschränkung und sieht sich selbst als Gott des Wired, wobei er sich selbst als solchen bezeichnet. Seine Persönlichkeit ist geprägt von Arroganz, kalter Berechnung und einem starken Kontrollbedürfnis. Er ist manipulativ und nötigend, indem er Versprechungen der Transzendenz und direkte Drohungen einsetzt, um seine Ziele zu erreichen. Er sieht Lain Iwakura als Schlüssel zur Verschmelzung des Wired mit der physischen Welt und versucht, sie zu überreden oder zu zwingen, sich ihm bei diesem Vorhaben anzuschließen.

Seine Rolle in der Geschichte ist die eines Katalysators und einer gegnerischen Kraft für Lain. Als digitaler Gott übt er Einfluss auf das Wired und seine Nutzer aus und wird von der Hackergruppe, bekannt als die Ritter der Östlichen Analysis, verehrt, die daran arbeiten, die Grenze zwischen dem Virtuellen und dem Realen niederzureißen. Eiris Handlungen bedrohen direkt die Stabilität beider Bereiche, und er ist die zentrale Figur, der sich Lain stellen muss. In der entscheidenden Konfrontation wird Eiri durch Lains Widerstand wütend und versucht, sich physisch zu manifestieren, wobei er eine groteske, schwebende Form mit einer Greifzunge und fleischigen Wucherungen annimmt. Lain besiegt ihn, indem sie telekinetisch ihre Hardware und Ausrüstung auf ihn schleudert und diese physische Manifestation zerstört.

Nachdem Lain die Realität zurückgesetzt hat, die Erinnerungen aller an sie gelöscht und die Trennung zwischen dem Wired und der physischen Welt wiederhergestellt hat, wird Eiri in einer veränderten Zeitlinie gesehen. In dieser neuen Realität lebt er und arbeitet als unzufriedener Angestellter bei den Tachibana General Laboratories, wobei er vor sich hin murmelt, dass er kündigen will. Dies deutet darauf hin, dass sein digitaler Aufstieg und seine Folgen rückgängig gemacht wurden, obwohl die genaue Natur seiner Existenz in der zurückgesetzten Welt unklar bleibt.

Zu Eiris bemerkenswerten Fähigkeiten gehört die vollständige Kontrolle über Protocol 7, die ihm im Wired nahezu Allmacht verleiht. Er kann als geisterhafte Projektionen erscheinen, digitale Informationen manipulieren und sogar eine physische Manifestation erzwingen, obwohl er seinen Körper aufgegeben hat. Er ist auch in der Lage, mit Menschen durch das Netzwerk zu kommunizieren und sie zu manipulieren, und sein eingebettetes Bewusstsein bleibt auch nach dem Tod seines physischen Körpers bestehen. Seine wichtigste Beziehung ist die zu Lain, die er sowohl als Werkzeug als auch als Rivalin betrachtet. Er hat auch eine implizite Verbindung zu den Rittern der Östlichen Analysis, die seiner Ideologie folgen. Seine Entwicklung ist weitgehend statisch; er beginnt als megalomanischer digitaler Gott und endet als besiegte Figur, deren Pläne vereitelt wurden, obwohl seine frühere Hybris nie wirklich reformiert wird.