Mega Byogen fungieren als Hauptantagonisten, die entstehen, wenn Mitglieder der Byogen-Fraktion Elementgeister infizieren und besitzen. Diese Besessenheit verzerrt die Geister zu monströsen Wesen, die Verschmutzung und Krankheiten verbreiten. Ursprünglich existieren sie als kleine, kugelförmige, fledermausartige Nano Byogen, bevor sie Besitz ergreifen. Die Besessenheit verändert ihr Aussehen drastisch: Ein dunkelroter Körper entsteht, der einen Schwanz ähnlich dem von Byogen-Generälen und einen teilweise dem besessenen Geist ähnelnden Kopf aufweist. Wenn sie ohne Reinigung besiegt werden, kristallisieren sie sich in grün-rote Mega Parts. Ab Episode 20 verbessern Byogen-Generäle neue Mega-Byogen-Kreationen, indem sie diese Mega Parts einbauen, was zu wilderen, stärkeren Formen mit zusätzlichen Fähigkeiten führt. Eine von einem Sonnen-Elementgeist angetriebene Variante wächst beispielsweise Paneele, um Energie zu laden und verheerende Laserstrahlen abzufeuern. Bis Episode 30 entwickeln Byogen-Generäle die fortschrittliche Gigabyogen-Variante. Diese entsteht, indem sie Menschen oder Tiere anstelle von Elementgeistern besitzen, erkennbar an einer grünen Aura und einer humanoideren Silhouette, während sie die zentralen Mega-Byogen-Merkmale beibehalten. Um sie zu besiegen, ist der "Final! Healin' Good Shower"-Angriff erforderlich. Mega Byogen zeigen diverse Kräfte, die mit ihrem Wirts-Elementgeist verbunden sind: - Ein Blumen-Elementgeist ermöglicht das Abfeuern explosiver Löwenzahnsamen. - Ein Wind-Elementgeist erzeugt starke Windböen durch eingebaute Ventilatoren. - Ein Klang-Elementgeist verursacht Lärmbelästigung und nach einer Mega-Part-Verstärkung neutralisierende Schallwellen. Alle Varianten verbreiten universell Verschmutzung durch Energiestöße, Laser oder physische Angriffe und werden stärker, je länger sie existieren. Die Reinigung durch Pretty-Cure-Angriffe befreit den gefangenen Elementgeist, wodurch der Mega Byogen sich auflöst und "Healin' Goodbye..." murmelt. Außergewöhnlich starke Mega Byogen können selten parasitäre Samen in Menschen oder Tiere implantieren; ohne schnelle Reinigung riskieren diese Samen, den Wirt in einen neuen Byogen-General zu verwandeln. Etymologisch stammt "Byogen" vom japanischen Wort für "Pathogen" oder "Krankheitserreger", was zu ihrer Rolle als Verkörperung von Infektion und ökologischer Korruption passt.