In Batman Ninja vs. Yakuza League dient Gordon als Polizeikommissar von Gotham City. Seine Rolle konzentriert sich hauptsächlich auf den ersten Akt des Films, in dem er als eine Figur dargestellt wird, die mit einer beispiellosen und bizarren Krise kämpft. Nach den Ereignissen des vorherigen Films wird sein Alltag durch ein seltsames Phänomen gestört: Mitglieder der Yakuza fallen buchstäblich aus einem Portal am Himmel. Gordon ist derjenige, der Batman erklärt, dass diese Einfälle inzwischen regelmäßig vorkommen – jeden Tag.

Die Persönlichkeit des Kommissars nimmt in dieser Fortsetzung einen komödiantischeren und übertriebeneren Ton an, verglichen mit einigen seiner eher stoischen Darstellungen. Er wird gezeigt, wie er die Polizei aktiv anführt, um die ersten Wellen von Yakuza-Angreifern abzuwehren, oft mit Unterstützung der Bat-Family. Doch jenseits seiner pflichtbewussten Handlungen zeigt er eine bemerkenswerte Panik und Angst. Dies äußert sich in Momenten der Verzweiflung, etwa wenn er die Helden humorvoll von einem Dach aus beschimpft und verlangt, sie sollten herunterkommen und bei der Säuberung der Stadt helfen. Als das Ausmaß der Bedrohung deutlicher wird, insbesondere als er das volle Ausmaß von Ra's al Ghuls Macht sieht, die vom Himmel herabregnet, schlägt Gordons Verhalten in echte Angst um, was seine Rolle als gewöhnlicher Mann betont, der von außergewöhnlichen Ereignissen überwältigt wird.