Kyotaro Yamada ist ein FBI-Agent, der unter dem Alias Kyotaro Imura operiert. Er arbeitet undercover als Assistent von Menoa Bellucci, einer Digimon-Forscherin, um ihre wahren Aktivitäten zu untersuchen, beginnend in New York. Als Eosmon in Japan auftaucht, das mit Koma-Vorfällen bei Auserwählten Kindern weltweit in Verbindung steht, begleitet Kyotaro Menoa dorthin. Physisch groß und mit heller Haut, hat er schwarzes Haar, das unter der Krone rasiert ist, und schwarze Augen. Seine berufliche Kleidung besteht aus einem grauen Hemd, dunkelgrauen Krawatte, schwarzem Anzug und schwarzen Schuhen. Seine imposante Größe und seine direkte, unverblümte Art schaffen eine einschüchternde Präsenz, obwohl er sich selbst als introvertiert bezeichnet. Seine Mission ist es, Beweise gegen Menoa zu sammeln und persönlich ihre Verhaftung wegen der Orchestrierung der Koma-Vorfälle sicherzustellen. In Japan arbeitet Kyotaro mit Auserwählten Kindern wie Tai Kamiya (Yagami Taichi) und Matt Ishida (Ishida Yamato) gegen Eosmon zusammen. Er bietet taktische Unterstützung in ihrem ersten Cyberspace-Zusammenstoß, indem er Kabuterimon und Angemon mit Eindämmungstechnologie ausstattet. Sein plötzlicher Abgang, nachdem Omegamon destabilisiert wird, weckt Yamatos Misstrauen. Yamato folgt ihm und beobachtet einen Waffenaustausch mit einem Verbündeten in einem geparkten Auto. Später entdeckt er Kyotaros versteckten Arbeitsbereich, der mit Überwachungsmaterial über Menoa und die Auserwählten Kinder gefüllt ist. Kyotaro konfrontiert Yamato in einer Garage, nachdem Takeru Takaishi (Takaishi Takeru) und Kari Kamiya (Yagami Hikari) ins Koma fallen. Er enthüllt seine FBI-Identität und erklärt, dass Menoa die Entführungen orchestriert hat, um Koushiro Izumis (Izumi Koushirou) globale Liste der Auserwählten Kinder zu stehlen. Als er Menoas Plan erkennt, mehr Opfer mit Eosmon-Klonen zu fangen, unterstützt Kyotaro Tai und Matt beim Eintritt in die digitale Welt für die finale Konfrontation. Nach Menoas Niederlage und Eosmons Zerstörung verhaftet er sie und schließt seine Mission ab. Seine Handlungen tragen zur Lösung der Krise bei. Sein Name "Yamada Kyotaro" (山田京太郎) verwendet den Nachnamen Yamada (Berg-Reisfeld) und den Vornamen Kyotaro (Hauptstadt + Suffix tarō). Sein Alias "Imura Kyotaro" (井村京太郎) verwendet den Nachnamen Imura (Brunnen-Dorf).