Joe Shimamura, als Cyborg 009 bezeichnet, ist der zentrale Protagonist dieses Films. Er ist ein junger Mann von durchschnittlicher Größe mit einer schlanken Statur, dunklen, vom Wind zerzausten Haaren, die typischerweise eines seiner Augen bedecken, und roten Augen. Seine Herkunft folgt in dieser Kontinuität einer gängigen Version seiner Vorgeschichte: Er ist ein halbjapanisches Waisenkind. Nachdem seine Mutter kurz nach seiner Geburt starb, wurde er von einem katholischen Priester aufgezogen. Sein Leben wurde auf den Kopf gestellt, als der Priester ermordet wurde und Joe zu Unrecht für das Verbrechen beschuldigt wurde. Auf der Flucht vor der Polizei wurde er von dem geheimen Syndikat Black Ghost gefangen genommen und zwangsweise in den fortschrittlichsten ihrer 00 Cyborgs umgewandelt, wobei er die Bezeichnung 009 erhielt.

Was die Persönlichkeit betrifft, verkörpert Joe den Archetyp eines mitfühlenden und idealistischen Helden. Er hat ein starkes Gerechtigkeitsgefühl und die tief verwurzelte Überzeugung, dass selbst seine Feinde erlöst werden können, und appelliert oft an deren Moralvorstellungen, anstatt tödliche Gewalt anzuwenden. Dieses Mitgefühl geht mit einer selbstaufopfernden Natur einher, die durch das Trauma des Verlusts seiner Familie angetrieben wird, was ihn entschlossen macht, andere zu beschützen, wobei er oft Lasten allein trägt. Obwohl er dem Bösen entschlossen entgegentritt, ist er nicht naiv; er wird zu einem entschlossenen und strategischen Anführer, wenn sein Team oder unschuldige Menschen in Gefahr sind. Seine Motivationen wurzeln in der Zerschlagung des Erbes von Black Ghost und der Verteidigung der Menschheit, wobei er seine Mit-Cyborgs als eine Art Ersatzfamilie betrachtet, der er äußerst treu ist.

In der Geschichte von Cyborg 009 Gekijō Ban: Chō Ginga Densetsu, auch bekannt als Legend of the Super Galaxy, fungiert Joe als Feldanführer der 00 Cyborgs. Die Erzählung beginnt nach der scheinbaren Niederlage von Black Ghost, wobei das Team versucht, getrennte, zivile Leben zu führen. Joe stellt das Team wieder zusammen, als ein außerirdischer Überlebender namens Saba ihre Hilfe gegen einen mächtigen kosmischen Eroberer namens Zoa sucht. Das Team reist zum Planeten Fantarian, wo es auf dessen Bewohner und Prinzessin Tamara trifft. Joe tröstet die Prinzessin angesichts der Verwüstung ihrer Welt, und obwohl sie Gefühle für ihn entwickelt, konzentriert sich die Geschichte auf seine Führungsqualitäten und sein Engagement für seine Mission. Im Höhepunkt erlebt Joe eine kosmische Offenbarung in einem Vortex-Energiefeld, wo er dessen immense Kraft nutzt. Er setzt diese Kraft nicht nur ein, um Zoa zu besiegen, sondern auch, um einen gefallenen Kameraden wiederzubeleben und sich die Wiederherstellung all dessen zu wünschen, was zerstört wurde, was seine Bereitschaft demonstriert, als Beschützer die ultimative Verantwortung zu übernehmen.

Zu den wichtigsten Beziehungen von Joe gehören seine tiefe Bindung zu seinem Mentor, Dr. Gilmore, und seinen Mit-Cyborgs, die er als Familie betrachtet. Eine bedeutende Dynamik ist seine Beziehung zu Françoise Arnoul, Cyborg 003, die romantische Implikationen hat, deren Tiefe in verschiedenen Adaptionen variiert. In diesem speziellen Film entsteht eine kurze Verbindung zu Prinzessin Tamara, die jedoch seine bestehenden Verpflichtungen nicht überschattet.

Joes Cyborg-Verbesserungen verleihen ihm übermenschliche Stärke, Haltbarkeit und die Fähigkeit, unter Wasser zu atmen. Seine charakteristischste und bemerkenswerteste Fähigkeit ist der Beschleunigungsmodus, der durch einen Schalter in einem seiner Backenzähne aktiviert wird. Dies ermöglicht es ihm, sich mit Geschwindigkeiten von bis zu Mach 5 zu bewegen, sodass die Welt stillzustehen scheint. Diese Kraft hat jedoch eine entscheidende Einschränkung: Die intensive Luftreibung, die bei solchen Geschwindigkeiten entsteht, würde jeden Nicht-Cyborg, den er berührt, schwer verletzen oder töten. Er muss auch bei unbelebten Gegenständen vorsichtig sein, die sich erhitzen und bei Kontakt verbrennen können.