Makoto Kusaka ist der Hauptprotagonist des Anime Uchū Kūbo Blue Noah, der in der ursprünglichen japanischen Version als Shin Kusaka bekannt ist. Er ist im Jahr 2052 Student an einer höheren Wissenschaftsakademie, als eine außerirdische Streitmacht namens Gotham (Godom) die Erde angreift, katastrophale Umweltveränderungen verursacht und neunzig Prozent der menschlichen Bevölkerung tötet. Makoto wird Zeuge des Todes seines Vaters, eines Wissenschaftlers, der heimlich am Bau des strategischen Trägers Blue Noah beteiligt war. In seinen letzten Augenblicken gibt ihm sein Vater ein geheimnisvolles Amulett und sagt ihm, er solle zu Punkt N1 gehen, wo die Zukunft der Erde liege. Makoto flieht mit seinen Schulfreunden und einem Mädchen namens Kei Domon, das er im Chaos trifft, aus der verwüsteten Hauptstadt. Der Führung des Amuletts folgend erreichen sie die geheime Basis auf den Ogasawara-Inseln und entdecken Blue Noah. Makotos Stimme aktiviert das Schiff, und er und seine Freunde werden als Besatzungsmitglieder des kleinen U-Boots Shīra angeworben.

Makoto beginnt als etwas impulsiver und unerfahrener Jugendlicher, reift aber allmählich durch die harten Realitäten des Krieges heran. Er dient als Raketenoffizier auf der Shīra unter Kapitän Shimizu, einem strengen, aber fürsorglichen Mentor. Nachdem Kapitän Shimizu sich opfert, um die Shīra zu retten, wird Makoto zum amtierenden Kapitän des U-Boots. Später übernimmt er die Rolle des Kampfoffiziers auf der Blue Noah selbst. Zu seinen wichtigsten Beziehungen gehören seine wachsende Bindung zu Kei, der Tochter von Blue Noahs Kapitän Ei Domon, und sein Respekt für Kapitän Domon, der zu einer Vaterfigur wird. Seine Freundschaften mit Hiroshi Izumi, Michiro Tamura und den anderen jungen Besatzungsmitgliedern sind zentral für seine emotionale Unterstützung und Teamarbeit.

Makotos Motivationen werden durch das Vermächtnis seines Vaters und die Entschlossenheit angetrieben, die Erde von den Invasoren zurückzuerobern. Er ist mutig und oft bereit, Risiken einzugehen, aber er lernt, dies mit strategischem Denken in Einklang zu bringen. Zu seinen bemerkenswerten Fähigkeiten gehören seine Pilotenkünste, sein schnelles taktisches Urteilsvermögen und seine Fähigkeit, andere zu inspirieren. In der finalen Konfrontation, nachdem Kapitän Domon tödlich verwundet wird, übernimmt Makoto das Kommando über Blue Noah und entwickelt ein kluges Manöver, um den Gotham-Kommandanten Jurgens zu besiegen, indem er den Phonon-Maser des Schiffs aus einem unerwarteten Winkel einsetzt. Die Serie endet mit der Rettung der Erde, und in späteren Darstellungen heiraten Makoto und Kei und gründen eine Organisation, um zukünftige außerirdische Bedrohungen zu verhindern. Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Makoto von einem trauernden Studenten zu einem selbstbewussten und fähigen Anführer, der die Widerstandsfähigkeit der Menschheit angesichts überwältigender Widrigkeiten verkörpert.