Jirō ist der zentrale Protagonist der Geschichte. Seine Herkunft ist von Tragödie und kultureller Dualität geprägt, da er als Sohn eines japanischen Ninja-Vaters, Tarōza, und einer Ainu-Mutter, Oyaruru, geboren wurde. Als Säugling weigerte sich sein Vater, einen Auftrag für einen mächtigen Mönch fortzusetzen, was zur gewaltsamen Zerstörung der Familie führte. Während dieses Angriffs verletzte der Mönch Jirō mit einem Schnitt im Gesicht und setzte ihn in einem Kanu auf einem Fluss aus. Er wurde gefunden und gerettet und schließlich von einer freundlichen Gasthausbesitzerin und ihrer Tochter im Dorf Sai auf der Shimokita-Halbinsel aufgezogen.

Jirōs Persönlichkeit wird von einem tiefen und anhaltenden Drang nach Antworten und Gerechtigkeit geprägt. Er beginnt als entschlossener, aber etwas naiver junger Mann, der stark von den Umständen und Menschen um ihn herum beeinflusst wird. Als er die Wahrheit über seine Vergangenheit aufdeckt, wird er berechnender und widerstandsfähiger. Seine Reise zwingt ihn, sich tiefgreifenden Verrat zu stellen, der seine anfängliche Impulsivität zu einem fokussierten Entschluss temperiert. Er ist anpassungsfähig, in der Lage, in sehr unterschiedlichen Kulturen und Umgebungen zu überleben, vom feudalen Japan bis zur amerikanischen Grenze, und zeigt die Fähigkeit, bedeutungsvolle Bindungen zu einer vielfältigen Gruppe von Charakteren aufzubauen.

Seine Hauptmotivation entspringt dem brutalen Mord an seiner Adoptivfamilie. Nachdem er ihre Leichen und einen seltsamen Dolch gefunden hat, wird er von seinem Dorf fälschlicherweise des Verbrechens beschuldigt. Gezwungen zu fliehen, sucht er die Wahrheit über seine Herkunft und die Identität des wahren Mörders. Diese Suche wird zu einer Rachemission gegen den manipulativen Mönch Tenkai, der Jirō dazu brachte, seinen eigenen leiblichen Vater zu töten. Im Laufe der Geschichte entwickelt sich seine Motivation von einfacher persönlicher Rache zu einem breiteren Verständnis der politischen Machenschaften, die im Spiel sind, was ihn letztendlich dazu führt, den Schatz, den er findet, zu nutzen, um den Sturz des Tokugawa-Shogunats zu finanzieren.

In der Geschichte dient Jirō als zentrale Figur, durch die sich das Mysterium und die historischen Ereignisse der Erzählung entfalten. Er ist zunächst ein Bauer, der von Tenkais Untergebenen Shingo und Sanpei im Ninjutsu ausgebildet wird, als Teil eines langfristigen Plans, einen legendären Schatz zu finden. Er reist von der nördlichen Insel Ezo in die Vereinigten Staaten, wobei sich sein Weg mit historischen Figuren und Ereignissen kreuzt. Seine Rolle verwandelt sich von einem Sucher persönlicher Wahrheit zu einem Agenten, der die größere politische Umwälzung der Meiji-Restauration beeinflusst. Er birgt Captain Kidds Schatz und leitet ihn um, um die Satsuma-Chōshū-Allianz gegen das Shogunat zu unterstützen.

Jirōs Schlüsselbeziehungen sind komplex und oft von Verrat und Enthüllungen geprägt. Seine Beziehung zu Tenkai ist die zentrale antagonistische Dynamik; der Mönch ist sein Manipulator und der Architekt seines Leidens. Jirōs ergreifendste Beziehung ist die zu Oyuki, einer weiblichen Ninja, die geschickt wurde, um ihn zu töten. Nachdem er sie besiegt, aber dann gerettet hat, entwickeln sie eine starke Bindung. Später erfährt er, dass Oyuki seine Halbschwester ist, die Tochter seines Vaters Tarōza. Er hat eine bedeutungsvolle Verbindung zu seiner leiblichen Mutter Oyaruru, die er spät auf seiner Reise findet, nur um zu sehen, wie sie durch Tenkais Plan getötet wird. Andere bedeutende Beziehungen umfassen Uraka, einen Ainu-Mann, der ihm hilft, der Gefangenschaft zu entkommen, den alten Gelehrten Andō Shōzan, der hilft, die Notizen seines Vaters zu entschlüsseln, den Seemann Sam, den er aus der Sklaverei befreit, und eine französisch-indianische Frau namens Chico, die ihm in Amerika hilft.

Jirō durchläuft eine erhebliche Entwicklung, von einem verängstigten, verwaisten Jungen zu einem erfahrenen und weltmüden Krieger. Seine anfängliche Unschuld wird durch den Mord an seiner Familie zerstört, und sein Vertrauen wird von Tenkai als Waffe eingesetzt, was zu der verheerenden Erkenntnis führt, dass er seinen eigenen Vater getötet hat. Dieses Ereignis markiert einen Wendepunkt, nach dem er zum Architekten seiner eigenen Suche wird. Er lernt, Täuschung zu durchschauen, wie sich zeigt, als er schließlich Tenkais Verwendung von Doppelgängern aufdeckt. Am Ende seiner Reise hat sich seine Perspektive von einer engen Fokussierung auf Rache zu einem breiteren Verständnis systemischer Unterdrückung und der Kosten politischen Wandels verschoben. Er verlässt die letzte Schlacht, nachdem er seine persönliche Rechnung mit Tenkai beglichen hat, aber auch zu einer neuen historischen Ära beigetragen hat.

Jirōs bemerkenswerte Fähigkeiten sind ein direktes Ergebnis seines rigorosen Trainings in den Wegen des Ninja. Unter der Anleitung von Shingo und Sanpei meistert er Ninjutsu und wird hochqualifiziert in Heimlichkeit, Infiltration und verschiedenen Formen des Kampfes. Er zeigt sich als anpassungsfähiger und einfallsreicher Kämpfer, der in der Lage ist, mehrere Gegner und Tenkais furchterregendste Attentäter zu besiegen. Seine Fähigkeiten beschränken sich nicht auf physische Konfrontation; er demonstriert auch taktische Täuschung und die Fähigkeit, in rauen, unbekannten Umgebungen zu überleben, von der Wildnis Ezos bis zur amerikanischen Grenze.