Ursprünglich Makiri Zolgen, gehörte Zouken Matou einer Magierfamilie an, die vor etwa fünfhundert Jahren vor den geschilderten Ereignissen in Kiew beheimatet war. Aus ihrer Heimat vertrieben, ließ sich seine Familie schließlich in Japan nieder und änderte ihren Namen zunächst in Makiri und später in Matou. Als einer der drei Gründer des Fuyuki Holy Grail War-Systems neben Nagato Tohsaka und Justeaze Lizrich von Einzbern schlug er das Meister-Diener-System vor und entwarf die Command Seals, die zur Kontrolle der Servants verwendet werden. Seine ursprüngliche Motivation entsprang einem idealistischen Wunsch, menschliches Leid zu beseitigen und durch den Heiligen Gral die "Wurzel" allen Wissens zu erreichen. Er bewunderte Justeaze zutiefst, die sich opferte, um zum Kern des Gral-Systems zu werden. Von ihrem Verlust zutiefst erschüttert, schwor er, sein Leben zu verlängern, bis er die Vollendung des Grals miterlebte, um ihr Opfer zu ehren. Jahrhunderte der Existenz ließen seinen Körper verfallen, sodass er sich mit Crest Worms – magischen Parasiten, die er entwickelte – am Leben erhielt und sein Bewusstsein zwischen Wirten übertrug. Dieses verlängerte Leben untergrub allmählich seine ursprünglichen Ideale und ersetzte sie durch ein besessenes Streben nach Unsterblichkeit. Er manipulierte aufeinanderfolgende Generationen der Matou-Familie, gab sich als Verwandter aus und verbarg seine wahre Identität als Patriarch. Zu der Zeit des Vierten und Fünften Heiligen Gral-Krieges waren seine Motive einzig auf den Erlang der Unsterblichkeit durch den Gral reduziert. Die magische Linie der Matou schwand über die Generationen hinweg, sodass Nachkommen wie sein Enkel Shinji Matou keine Magie mehr beherrschten. Um einen Erben zu sichern, arrangierte Zouken ein Jahr vor dem Vierten Heiligen Gral-Krieg die Adoption von Sakura Tohsaka aus der Tohsaka-Familie. Er zwang ihr brutales Training auf, pflanzte Crest Worms in ihren Körper ein und verursachte ihr immense physische und psychische Qualen. Diese Würmer ernährten sich von ihrer magischen Energie, mit der Absicht, sie zu einem Gefäß für Angra Mainyu, den korrumpierten Geist innerhalb des Grals, zu machen. Er vergiftete weiterhin ihre Nahrung, um ihre Schmerztoleranz zu erhöhen und ihren Willen zu brechen, um ihre Eignung sicherzustellen. Nach dem Vierten Krieg implantierte er Fragmente des zerstörten Grals mithilfe von Crest Worms in Sakura und machte sie zu einem unvollständigen Kleinen Gral. Während des Fünften Heiligen Gral-Krieges blieb Zouken zunächst passiv und ließ Shinji als Sakuras stellvertretenden Meister von Rider agieren. Nach Riders Niederlage und Shinis Versagen griff er direkt ein und beschwor den "Wahren Assassinen" aus den Überresten des ursprünglichen Assassinen-Servants. Er nutzte Sakuras Verbindung zu Angra Mainyu – die sich als zerstörerischer Schatten manifestierte – um andere Meister und Servants zu eliminieren. Sakuras fortschreitende Korruption durch den Schatten entglitt seiner Kontrolle, sodass sie eigenständig Servants absorbierte und seine Autorität ablehnte. Kirei Kotomine zerstörte seine physische Form während eines Angriffs auf das Einzbern-Schloss, obwohl er durch in Sakura versteckte Würmer überlebte. In seinen letzten Momenten, als er versuchte, den aktivierten Gral zu erreichen, erschien Illyasviel von Einzbern – Justeaze ähnelnd – und weckte seine vergrabenen Erinnerungen an seine ursprünglichen Ideale. Konfrontiert mit seinem Versagen, Justeazes Opfer zu ehren oder die Rettung der Menschheit zu erreichen, akzeptierte er friedlich den Tod. In anderen Routen von Fate/stay night wie Fate und Unlimited Blade Works ist Zouken nicht direkt involviert. Szenen in der Unlimited Blade Works-Anime-Adaption deuten an, dass Kirei Kotomine ihn indirekt beseitigt haben könnte, möglicherweise durch Gilgameshs Einfluss.