Shinya Kogami begann als Inspektor im Kriminalamt des Öffentlichen Sicherheitsbüros, wo er zunächst der Abteilung 03 zugeteilt wurde, bevor er zu Abteilung 01 wechselte. Er baute enge Bindungen zu seinen Vollstreckern auf, insbesondere zu Mitsuru Sasayama. Die Ermittlungen zum Präparate-Fall, bei dem zerstückelte Opfer wie Präparate zur Schau gestellt wurden, endeten tragisch, als Sasayama auf dieselbe Weise ermordet wurde. Die Entdeckung von Sasayamas verstümmeltem Leichnam verursachte ein schweres Trauma, das Kogamis Verbrechenskoeffizienten in die Höhe trieb. Er lehnte eine Behandlung ab und wurde besessen davon, den Fall zu lösen, was zu seiner Degradierung zum Vollstrecker führte, als sein psychischer Zustand sich verschlechterte. Unter der Leitung von Inspektorin Akane Tsunemori in Abteilung 01 blieben Kogamis detektivische Fähigkeiten scharf, und er löste Fälle durch unkonventionelle und oft riskante Methoden. Obwohl er normalerweise distanziert wirkte, zeigte er einen Sinn für Humor, insbesondere indem er Tsunemori wegen des Vorfalls neckte, bei dem sie ihn mit einem Dominator erschoss. Ihre Arbeitsbeziehung entwickelte sich zu gegenseitigem Respekt und Vertrauen, was seine Sicht auf Gerechtigkeit beeinflusste. Seine wachsende Ernüchterung gegenüber dem Sibyl-System gipfelte, als es ihn daran hinderte, Sasayamas Mörder, Shogo Makishima, zu verfolgen. Dies veranlasste Kogami, seine Position aufzugeben und als Geächteter Makishima allein zu jagen, wodurch seine lange Freundschaft mit Inspektor Nobuchika Ginoza zerbrach. Nach Makishimas Tod verließ Kogami Japan und arbeitete als Söldner in Konfliktgebieten wie Shambala Float, wo er unterdrückte Bevölkerungsgruppen unterstützte. Bis 2116 operierte er in Südostasien und der Tibet-Himalaya-Region, trug militärische Kleidung und führte konventionelle Schusswaffen mit sich. Dort traf er auf Tenzing Wangchuk, ein junges halbjapanisches Mädchen, dessen Eltern von Guerillakämpfern getötet worden waren. Auf der Suche nach Rache veranlasste sie Kogami, sie zu mentorieren, während er sie vor dem selbstzerstörerischen Pfad der Rache warnte und dabei über seine eigene Jagd auf Makishima reflektierte. Beim Schutz von Flüchtlingen kreuzte sich sein Weg mit Frederica Hanashiro vom japanischen Außenministerium, die gestrandete Bürger unterstützte. Im Kampf verwundet, wurde Kogami von einem Mit-Söldner, Garcia, gerettet, der sich später als Antagonist entpuppte, der Friedensgespräche sabotierte. Nachdem Garcia Tenzing lebensgefährlich verletzt hatte, griff Kogami ein und tötete Garcia unter Hanashiros Bedingung, dass er nach Japan zurückkehrt. Kogami kehrte zum Strafverfolgungsdienst zurück und wurde als Sonderermittler im Unterdrückungsaktionsteam des Außenministeriums tätig. Obwohl er außerhalb des Öffentlichen Sicherheitsbüros operierte, blieb er dem Sibyl-System gegenüber misstrauisch. Seine Rückkehr ermöglichte eine Versöhnung mit Tsunemori, die er im Gefängnis besuchte. Trotz unterschiedlicher organisatorischer Zugehörigkeiten arbeiteten sie weiterhin an Fällen zusammen und demonstrierten eine professionelle Dynamik, die auf gegenseitigem Vertrauen basierte. Seine Beziehung zu Ginoza stabilisierte sich ebenfalls, obwohl unklar blieb, ob ihre frühere Freundschaft wiederhergestellt war. Während seiner gesamten Reise hielt Kogami sich an das Motto: „Sei gütig zu anderen, aber streng zu sich selbst.“ Seine Erfahrungen verwandelten ihn von einem idealistischen Inspektor in einen desillusionierten Geächteten und schließlich in eine Figur, die durch den Schutz anderer nach Erlösung suchte, anstatt Rache zu verfolgen.