Shinya Kogami besitzt eine durchschnittliche Größe, einen muskulösen Körperbau, graue Augen, kurz zerzaustes dunkelbraunes Haar und blasse Haut. Geboren in der Präfektur Kanagawa als Sohn von Tomoyo Kogami, absolvierte er im März 2100 die Kanagawa Higashi Mittelschule und erwarb später im März 2104 seinen Abschluss an der Nitto School of Social Sciences, Fachbereich Sozialpsychologie. Während seiner Schulzeit traf er Nobuchika Ginoza und schloss eine enge Freundschaft mit ihm, nachdem er eingegriffen hatte, als Ginoza gemobbt wurde. Kogami studierte Sozialwissenschaften und betrieb Kickboxen und Wrestling als besondere Hobbys, Aktivitäten, die unter Studenten weniger verbreitet waren, die sie normalerweise nur zum Stressabbau studierten.
Im April 2104 trat er dem Public Safety Bureau (PSB) bei, nachdem er 721 Punkte im Aufnahmeexam erreicht hatte, und durchlief eine Ausbildung am Career Instruction Center. Im Oktober 2104 wurde er als Inspector der Criminal Investigation Department (CID) Division 03 zugeteilt und wechselte im Mai 2106 zu Division 01. Als „Shepherd 2“ beaufsichtigte er Enforcer und baute eine starke Bindung zu Enforcer Mitsuru Sasayama auf, obwohl die Protokolle Distanz verlangten. Während der Untersuchung des „Specimen Case“, bei dem Opfer zerstückelt und in synthetisches Material eingeschlossen wurden, wurde Sasayama von Shogo Makishima ermordet. Die Entdeckung von Sasayamas verstümmeltem Körper verursachte bei Kogami schweres psychisches Trauma und trieb seinen Crime Coefficient in die Höhe. Er lehnte eine Behandlung ab und verfolgte den Fall besessen, was zu seiner Degradierung zum Enforcer im April 2110 führte. Als „Hound 3“ in Division 01 operierte er unter der Aufsicht von Inspector Akane Tsunemori.
Kogami zeigt scharfe detektivische Fähigkeiten und löst Fälle schnell durch ruhige Analyse und ein instinktives Verständnis der Kriminalpsychologie. Seine Methoden beinhalten häufig hochriskante Taktiken, die gemischte Reaktionen bei Kollegen hervorrufen. Normalerweise ernst und distanziert, zeigt er auch einen Sinn für Humor, insbesondere als er Tsunemori wegen ihres anfänglichen Missgeschicks, ihn mit einem Dominator zu erschießen, aufzog. Sein Motto „Sei gütig zu anderen, aber streng zu sich selbst“ spiegelt seine disziplinierte Herangehensweise wider. Doch Sasayamas Tod führte zu einer wachsenden Skepsis gegenüber der Unfehlbarkeit des Sibyl-Systems. Als Sibyl sich weigerte, Makishimas Ergreifung zu priorisieren, verließ Kogami das PSB im Februar 2113, um Makishima eigenständig zu jagen. Er tötete Makishima schließlich mit Tomomi Masaokas Schusswaffe, verletzte damit Sibyls Anweisungen und wurde gezwungen, Japan zu verlassen.
Nach seinem Verlassen Japans durchstreifte Kogami als Söldner Südostasien und war bis 2116 in Konfliktgebieten wie Shambala Float aktiv, wo er unterdrückte Bevölkerungen gegen Militärregime unterstützte. Er trug olivgrüne Militärkleidung mit einer kugelsicheren Weste und führte eine traditionelle Schusswaffe mit sich. Im Tibet-Himalaya-Gebiet rettete er Flüchtlinge vor Guerilla-Angriffen, darunter Tenzing Wangchuk, ein halbjapanisches Mädchen, dessen Eltern ermordet worden waren. Tenzing bat um Kampftraining für Rache, woraufhin Kogami sie unterrichtete, sie jedoch vor dem selbstzerstörerischen Pfad warnte, den er einst gegangen war. Er traf auf Frederica Hanashiro vom japanischen Außenministerium, die gestrandete japanische Bürger repatriierte. Bei der Zusammenarbeit zum Schutz von Flüchtlingen wurde Kogami verletzt, als er zögerte, auf einen Kindersoldaten zu schießen. Während seiner Genesung halluzinierte er Makishima und reflektierte über seine vergangenen Taten.
Tenzing identifizierte später den Mörder ihrer Eltern als Garcia, einen Söldner, der Friedensverhandlungen sabotierte. Nachdem Garcia sie erstochen hatte, warnte sie Kogami vor dem Verrat. Kogami handelte mit Hanashiro aus: Im Austausch für Hilfe bei der Eliminierung Garcias würde er dem Ministry's Suppressing Action Department (SAD) als Special Investigator beitreten. Nach Garcias Tod kehrte Kogami im Januar 2118 nach Japan zurück. Seine Special Investigator-ID war 00542-AEDF-52510-4. Zu diesem Zeitpunkt hatte er seinen körperlichen Höhepunkt erreicht, blieb aber gegenüber Sibyl und dem PSB misstrauisch. Seine Rückkehr ermöglichte ein Wiedersehen mit Tsunemori, die er während ihrer Inhaftierung besuchte. Ihre Dynamik entwickelte sich zu einer Partnerschaft, die an „Buddy Cops“ erinnerte, geprägt von gegenseitigem Vertrauen und direkter Kommunikation bei gemeinsamen Einsätzen.
Kogamis Beziehung zu Tsunemori ist von professionellem Respekt und persönlichem Vertrauen geprägt. Er sagte einmal, sie sei „eine Frau, die Recht und Ordnung zutiefst liebt und von ihnen zutiefst geliebt wird“. Vor seinem ersten Exil hinterließ er ihr einen Brief, in dem er sich für gebrochene Versprechen entschuldigte und ihre Rolle bei der Bestätigung seiner detektivischen Ideale anerkannte. Seine Freundschaft mit Ginoza hielt trotz Konflikten aufgrund von Kogamis rebellischen Aktionen stand. Ginoza zögerte, Kogami während dessen Flucht zu erschießen, und obwohl ihre Bindung sich verschlechterte, nachdem Kogami Söldner geworden war, versöhnten sie sich nach seiner Rückkehr nach Japan. Kogami pflegte auch ein gutes Verhältnis zu Tomomi Masaoka, nutzte Masaokas Safe House während seiner Flucht und hinterließ später einen Schlüssel an Masaokas Grab als Tribut.
Zu Kogamis Lizenzen und Qualifikationen gehören ein normaler Führerschein (August 2100), Level-1-Zertifikat für antike Sprachen (Juni 2102), Führerschein für große Zweiräder (August 2102), Level-1-Speed-Reading-Zertifikat (Oktober 2103), Lehrbefähigung für Sozialwissenschaften auf Hochschulniveau (März 2104) und Führerschein für große Sonderfahrzeuge (Juli 2104).