Misaka 10046, eine von rund 20.000 Mikoto-Misaka-Klonen, die für das Level-6-Shift-Projekt – einen Plan, Accelerator durch das Abschlachten der Sisters auf Level 6 zu bringen – geschaffen wurden, bleibt nach dem Experiment in Academy City für Anpassungen. Wie ihre Schwestern trägt sie die Uniform der Tokiwadai Middle School, elektromagnetische Wahrnehmungsbrillen und blau gestreifte Unterwäsche, wobei bestimmte Medien sie durch subtil veränderte Augendesigns unterscheiden. Ursprünglich spiegelt sie die emotionslose Haltung der Sisters wider, zeigt jedoch zunehmend Individualität, indem sie unter Bedrohung Angst, Zögern und Feigheit ausdrückt. Diese emotionale Entwicklung schließt eine implizite Zuneigung zu Accelerator ein, was sich von der Vorliebe ihrer Schwestern für Kamijou Touma unterscheidet. Während des Necromancer-Arcs greift sie ein, um eine flüchtende Mutter und Tochter vor einem Disciplinary Action (DA)-Agenten im Heaven Canceller’s Hospital zu schützen. Obwohl sie im Kampf trainiert ist und über Level-3-Elektrokinese verfügt, scheitert ihr Angriff an der isolierten Ausrüstung des Agenten, was zu ihrer Gefangennahme führt. In einer DA-Basis wird sie zum Dreh- und Angelpunkt von Konflikten mit Accelerator, Esther Rosenthal und dem Aufräumtrupp Scavenger. Eine Koalition, darunter Accelerator, rettet sie und bekämpft DAs wiederbelebte Leichen und von Nekromantie angetriebene Coffin-Mechs. In einem Crossover-Vorfall betritt sie die ALICE-Dimension und trifft auf Sen no Rikyu, einen Teemeister, der einem Bekannten aus ihrer Welt ähnelt. Fasziniert von seinen Lehren, wetteifert sie mit Last Order um seine Aufmerksamkeit, bis ihre Rivalität in eine Schlägerei eskaliert. Beide verwerfen ihre Pläne, Rikyu zu begleiten, als sie die Dauer der Reise erkennen, und kehren nach der Beobachtung von Accelerators Kämpfen nach Hause zurück. Ihr Arsenal umfasst Standardausrüstung der Sisters wie das Metal Eater MX-Scharfschützengewehr und die Toy Soldier-Sturmgewehre, ergänzt durch ihre Fähigkeit, Maschinen zu hacken. Sie improvisiert Waffen, etwa einen Brecheisen gegen Zombies, und behält die für die Sisters typische Redeweise in der dritten Person bei. Trotz wachsender emotionaler Komplexität bleibt ihre Darstellung in den Medien konsistent und unterstreicht den Kampf der Klone, ihre künstlichen Ursprünge mit ihrem erwachenden Selbst zu vereinen.