Mikihiko Hishigata, ein Neurowissenschaftler, der mit der abtrünnigen Anti-Skill-Faktion DA verbündet ist, verfolgt seine persönlichen Ambitionen durch diese Partnerschaft. Sein einziger Fokus liegt darauf, einen perfekten Esper zu erschaffen, indem er versucht, seine Schwester Hirumi auf Level 6 zu erheben. Diese Besessenheit, die in emotionaler Hingabe wurzelt, überwindet ethische Grenzen und treibt ihn dazu, Leichen und lebende Subjekte in seinen Experimenten zu verwenden. Seine bahnbrechende Forschung zielt auf die physischen Ursprünge von Esper-Fähigkeiten ab und gipfelt in mechanisierten Augmentierungen, die als "Särge" bezeichnet werden. Diese Konstrukte verbinden wiederbelebte Leichen – verstärkt durch Rosenthal-stilige Nekromantie, die er von seiner zur Marionette gewordenen Mitarbeiterin Esther Rosenthal erlernte – mit künstlichen Seelen und drei bösartigen Entitäten: Qiong Qi, Taotie und Hundun. Die resultierenden Hybride sind in ihrer Kraft mit Level-5-Espers vergleichbar. Hirumis Tod und Esthers Wiederbelebung ihres Körpers – ohne Mikihikos Wissen, der nun ein Gefäß für den alten Geist Taowu ist – entfachen seine Wahnvorstellung, sie überlebe zu haben. Selbstlos fängt er einen tödlichen Schlag ab, der für sie bestimmt war, und erleidet dabei tödliche Wunden. An den Glauben klammernd, Hirumis Bewusstsein bestehe fort, erkennt er die Realität erst, als Taowu sich manifestiert. Selbst im sterbenden Zustand unterstützt er die Bemühungen, den Geist zu bezwingen, verzweifelt darauf bedacht, seine Schwester wiederzuerlangen, bevor er stirbt. Außerhalb der Haupthandlung erscheint Mikihiko in *Toaru Majutsu no Index: Imaginary Fest*’s "The Return"-Event, das verstorbene Figuren kurzzeitig wiederbelebt. Der Spin-off *Tobidase Ippou-san Hachamecha Kaishingeki* zeigt ihn in einem humorvollen Koan-lösenden Sketch, angefeuert von Hirumi. Rücksichtslos pragmatisch, doch leidenschaftlich loyal, beseitigt Mikihiko kalt ineffektive Untergebene wie Nishio, bleibt jedoch emotional zerbrechlich, wenn es um Hirumi geht. Seine Redewendungen enden häufig mit der umgangssprachlichen Floskel "Yeah" (うん), was seinen lässigen Ton mit moralisch fragwürdigen Entscheidungen kontrastiert.