Im Universum von A Certain Magical Index ist die Figur, die gemeinhin als Misakas kleine Schwester bezeichnet wird, kein einzelnes Individuum, sondern eine Bezeichnung für die Misaka Sisters, eine Reihe von über zwanzigtausend Klonen des drittstärksten Level-5-ESP-Menschen Mikoto Misaka. Das bekannteste und am häufigsten anzutreffende Individuum unter ihnen ist der 10032. Klon, oft Misaka 10032 oder einfach Misaka Imouto genannt. Eine weitere bedeutende Figur ist der 20001. Klon, bekannt als Last Order, der als Kommandoknoten für das Netzwerk dient. Diese Klone wurden ursprünglich durch das Radio-Noise-Projekt unter Verwendung von Mikoto Misakas DNA-Karte erschaffen, mit dem ursprünglichen Ziel, Level-5-ESP-Menschen in Massenproduktion herzustellen. Als dieses Projekt keine ESP-Menschen über Level 3 hervorbrachte, wurden die Klone für das Level-6-Shift-Projekt umfunktioniert, ein Experiment, das darauf abzielte, den stärksten Level-5-ESP-Menschen, Accelerator, auf die nächste Stufe der Macht zu heben, indem er sie in einer Reihe inszenierter Kämpfe tötete.

Die Klone teilen das gleiche physische Erscheinungsbild wie Mikoto Misaka, werden jedoch typischerweise durch ihre Verwendung von militärischen Schutzbrillen und ihren bemerkenswert flachen, ausdruckslosen Gesichtsausdrücken unterschieden. Ihre Persönlichkeiten sind jedoch nicht völlig einheitlich. Während sie im Allgemeinen in einem unverwechselbaren Stil in der dritten Person sprechen und ein ähnliches direktes oder leicht reizbares Wesen wie ihr Original haben, beginnen sie, subtile individuelle Unterschiede zu entwickeln, je mehr Lebenserfahrung sie sammeln. Misaka 10032 zum Beispiel zeigt eine Vorliebe für Tiere, insbesondere Katzen, und zeigt eine stille Fähigkeit zur Fürsorge und Zuneigung, insbesondere gegenüber dem Protagonisten Touma Kamijou. Ihre Motivationen ändern sich im Laufe der Geschichte dramatisch. Anfangs akzeptieren sie ihr Schicksal als entbehrliche Versuchsobjekte und betrachten sich selbst als ersetzbar und nicht wirklich menschlich. Als Ergebnis davon, dass sie von Touma gerettet werden und andere treffen, die sie als Menschen behandeln, entwickeln sie einen Lebenswillen und den Wunsch, einander zu beschützen. Ihre Kernmotivation wird das Überleben und die Bewahrung ihrer kollektiven Identität.

In der Geschichte spielen die Sisters eine zentrale Rolle sowohl als Opfer des Level-6-Shift-Projekts als auch als Katalysator für einen Großteil des moralischen Konflikts in den frühen Handlungsbögen. Ihre Existenz zwingt mehrere Hauptfiguren, darunter Touma, Mikoto und Accelerator, dazu, sich mit der Ethik des wissenschaftlichen Establishments in der Academy City auseinanderzusetzen. Misaka 10032 dient als der Klon, mit dem Touma am direktesten interagiert, und es ist sein Eingreifen während des 10032. Experiments, das zur Beendigung des Tötungsprojekts führt. Nachdem das Projekt gestoppt wurde, werden die überlebenden Klone zur Behandlung in Krankenhäuser und Forschungseinrichtungen auf der ganzen Welt geschickt, um die genetischen Fehler zu beheben, die ihrem beschleunigten Wachstum innewohnen.

Schlüsselbeziehungen definieren die Entwicklung der Sisters. Ihre Bindung zu Mikoto Misaka ist komplex; sie fühlt zunächst immense Schuld und Verantwortung für ihre Erschaffung und ihr Leiden und arbeitet später daran, sie zu beschützen. Ihre Beziehung zu Touma Kamijou ist eine von tiefer Dankbarkeit, und Misaka 10032 entwickelt romantische Gefühle für ihn, die sie direkter ausdrückt als Mikoto. Die vielleicht transformativste Beziehung ist die zu Accelerator. Er beginnt als ihr Mörder, wird aber, nachdem er von Touma besiegt wurde und Last Order getroffen hat, zu einem ihrer engagiertesten Beschützer. Insbesondere Last Order bildet eine enge, fast väterliche Bindung zu ihm. Die Klone, insbesondere Last Order und Misaka 10032, sind maßgeblich an Accelerators Erlösungsbogen beteiligt.

Ihre bemerkenswerten Fähigkeiten ergeben sich aus ihrer ESP-Kraft, Radio Noise, einer schwachen elektrischen Manipulationsfähigkeit, die sie im Allgemeinen auf Level 2 oder Level 3 einstuft. Während sie einzeln weitaus schwächer sind als Mikoto Misaka, liegt ihre wahre Stärke im Misaka-Netzwerk, einer psychischen Verbindung, die die Gedanken aller Sisters miteinander verbindet. Durch dieses Netzwerk können sie Erinnerungen teilen, augenblicklich kommunizieren, Parallelverarbeitung durchführen und komplexe taktische Manöver als ein einziger Organismus koordinieren. Dieses Netzwerk ermöglicht es ihnen auch, als Ausfallsicherung und Kontrollmechanismus füreinander zu fungieren, wobei Last Order als Administrator fungiert. Die Sisters sind auch im Kampf ausgebildet und mit Schusswaffen und militärischer Ausrüstung vertraut, was ihre begrenzte individuelle ESP-Kraft kompensiert. Im Laufe der Serie ist ihre Entwicklung durch eine allmähliche Aneignung von Individualität, Emotion und einem vertieften Verständnis dafür gekennzeichnet, was es bedeutet, als Person zu existieren, und sie bewegen sich von entbehrlichen Werkzeugen zu autonomen Wesen, die für ihr Recht zu leben kämpfen.