Makoto Naegi beginnt als gewöhnlicher Oberschüler, der unerwartet als "Ultimativer Glücksschüler" der Hope's Peak Academy ausgewählt wird. Obwohl ihm ein offensichtliches außergewöhnliches Talent fehlt, besitzt er tiefen Optimismus und einen starken Glauben an andere, was seinen Charakter durch inhärente Hoffnungsfähigkeit definiert. In ein tödliches Killerspiel kurz nach der Einschulung gestoßen, hält Makoto trotz Verrat und Mord an den Glauben an die grundsätzliche Güte seiner Klassenkameraden fest. Getrieben von der Suche nach Wahrheit und dem Schutz seiner Freunde, beteiligt er sich aktiv an Ermittlungen und Klassenprozessen. Seine scharfe Beobachtungsgabe und deduktive Logik, die zunächst nicht als Talent hervorgehoben wurden, erweisen sich als entscheidend. Das Überstehen der Tortur bestärkt seinen Kern glauben an Hoffnung und das Potenzial der Menschen für positive Veränderung. Nach der Tragödie schließt sich Makoto der Future Foundation an und steigt zum Leiter ihrer 14. Niederlassung auf. Seine Handlungen und Ideologie, die Vergebung und Rehabilitation über Bestrafung für die von Verzweiflung Beeinflussten stellen, lösen Konflikte innerhalb der Future Foundation-Führung aus. Dies eskaliert, als Makoto ehemalige Überreste der Verzweiflung beschützt, da er an ihre Erlösung glaubt. Diese Entscheidung führt dazu, dass eine Fraktion der Future Foundation Makoto als Verräter brandmarkt, was zu seiner Gefangennahme und Inhaftierung führt. In Haft bleibt er standhaft, weigert sich, seinen Glauben an Hoffnung und Erlösung zu kompromittieren, und bekundet seine Entschlossenheit Verbündeten wie seiner Schwester Komaru. Während einer kritischen Konfrontation fordert Makoto den geschäftsführenden Future Foundation-Vorsitzenden Kyosuke Munakata direkt heraus, dessen starre Ideologie die Auslöschung aller Verzweiflungsquellen, einschließlich der Überreste, vorsieht. Makoto argumentiert leidenschaftlich für eine Zukunft, die auf Hoffnung und Vertrauen aufbaut, und glaubt, dass Menschen zweite Chancen verdienen. Seine Worte und Taten verhindern gemeinsam mit Verbündeten weiteres Blutvergießen unter Future Foundation-Mitgliedern. Er spielt eine entscheidende Rolle bei der endgültigen Lösung, indem er die Abschaltsequenz für das Neo World Program auslöst, die virtuelle Simulation, in der komatose Überreste der Verzweiflung gefangen sind, und so ihr Erwachen und ihre Genesung ermöglicht. Danach arbeitet Makoto eng mit Verbündeten zusammen, die seine Vision teilen, um eine auf Hoffnung und gegenseitigem Verständnis basierende Welt wiederaufzubauen. Seine Beziehung zu Kyoko Kirigiri bleibt bedeutsam. Zuletzt ist er aktiv an Wiederaufbaumaßnahmen beteiligt und verkörpert die Hoffnung, für die er eintrat.