Hiyoko Saionji trug den Titel der Ultimativen Traditionellen Tänzerin, eine Ehre, die sie als Erbin des angesehenen Saionji-Clans erbte. Ihre Kindheit war geprägt von intensivem Training im japanischen Tanz unter der strengen Aufsicht ihrer Großmutter, was zu sozialer Isolation und schwerem Mobbing am Golden Light Girl's Institute führte. Klassenkameraden verübten lebensbedrohliche Streiche, wie das Platzieren von Nadeln in ihren Schuhen, das Verteilen toter Nagetiere in ihrem Bett und das Vergiften ihres Essens. Dies führte zu tiefem Misstrauen und einer defensiven, grausamen Persönlichkeit. Sie bewaffnete Zuneigung zu ihrem Vater, der ihr emotionalen Halt bot, bevor ihre Großmutter sie trennte, um die Familientraditionen zu bewahren.
An der Hope's Peak Academy in Klasse 77-B zeigte Hiyoko zunächst bösartiges Verhalten, insbesondere gegenüber schwächeren Mitschülern wie Mikan Tsumiki. Ihre Unfähigkeit, grundlegende Aufgaben wie das Binden ihres Kimonos zu bewältigen, unterstrich ihre behütete Erziehung. Eine Wende trat ein, als ihre Klassenkameradin Mahiru Koizumi ihr half und eine schwesterliche Bindung entstand. Hiyoko entwickelte eine tiefe Verbundenheit zu Mahiru, die sie als "normal" unter ihren exzentrischen Klassenkameraden betrachtete, was ihre ersten Schritte zur emotionalen Verletzlichkeit markierte.
Während schulischer Ereignisse erlebte Hiyoko entscheidende Tragödien. Sie entdeckte zusammen mit Mahiru, Ibuki Mioda, Mikan und Sato die Leiche von Fuyuhiko Kuzuryus Schwester im Twilight Syndrome Murder Case. Satos anschließender Mord durch Fuyuhiko erschütterte Mahiru und vertiefte Hiyokos Bindung zu ihr. Diese Traumata deuteten ihre Anfälligkeit für Verzweiflung an.
Junko Enoshimas Manipulation gipfelte darin, dass Klasse 77-B in eine Falle gelockt wurde. Gezwungen, Chiaki Nanamis brutale Hinrichtung durch Gehirnwäsche-Aufnahmen zu sehen, verfielen Hiyoko und ihre Klassenkameraden in wahnsinnige Verzweiflung, lachten manisch, während sich ihre Persönlichkeiten verdrehten. Als ein Überbleibsel der Verzweiflung beteiligte sich Hiyoko an globalen Gräueltaten, darunter morale-steigernde Konzerte mit Ibuki, um die Tragödie aufrechtzuerhalten. Sie und andere Überbleibsel pflanzten später Teile von Junkos Leiche auf sich, als Symbol ihrer Hingabe.
Von der Future Foundation gefangen genommen, trat Hiyoko in das Neo World Program zur Rehabilitation ein. Mit gelöschten Erinnerungen und als virtuelle 16-Jährige nahm sie am Killing School Trip auf Jabberwock Island teil. Ihr grausames Verhalten kehrte zurück – Ameisen zertreten, Mitschüler beleidigen, andere manipulieren – doch ihre Abhängigkeit von Mahiru blieb. Nach Mahirus Mord im zweiten Kapitel des Spiels errichtete Hiyoko ein provisorisches Denkmal, das echte Trauer offenbarte. Ihre Entwicklung zur Selbstverbesserung begann, wurde jedoch im dritten Kapitel unterbrochen, als sie sah, wie Mikan Tsumiki Ibuki Mioda tötete. Auf der Flucht in einen Musikclub traf Hiyoko auf Mikan, die ihr die Kehle durchschnitt und ihren Kimono falsch band – eine symbolische Geste der Schande.
Nach dem Neo World Program erwachte Hiyoko aus einem Koma. In der Hope Arc schloss sie sich anderen reformierten Überbleibseln an, um Ryota Mitarais globale Gehirnwäsche-Übertragung zu stoppen und die Future Foundation zu schützen. Obwohl sie im Kampf in Panik geriet, wurde ihr Überleben bestätigt. Als Exil für ihre vergangenen Verbrechen akzeptierte sie ein friedliches Leben mit ihrer Klasse auf Jabberwock Island.