Kyōsuke Munakata besuchte die Hope's Peak Akademie als der Ultimative Schülerratspräsident, geschätzt für seine angeborene Führungsqualitäten, Charisma und seinen unerbittlichen Antrieb, die Schule zu reformieren. Er knüpfte starke Bindungen zu seinen Klassenkameraden Chisa Yukizome und Juzo Sakakura, die ihm tiefe Loyalität entgegenbrachten. Seine Ambitionen reichten über den Abschluss hinaus, da er eine Übersee-Zweigstelle von Hope's Peak plante, um seinen Einfluss auszuweiten und schließlich Direktor Jin Kirigiri zu ersetzen. Für diese Mission rekrutierte er Chisa und Juzo, überzeugt davon, dass ihre vereinte Kraft die Welt verändern könnte. Vor der Tragödie zeigte Munakata eine warmherzigere und rationalere Seite neben seinem ernsten, entschlossenen Wesen. Er untersuchte aktiv Korruption innerhalb von Hope's Peak und versuchte, Junko Enoshimas Pläne mit Beweisen und Logik zu vereiteln. Sein damaliges Erscheinungsbild unterschied sich von späteren Jahren – er trug einen schwarzen Anzug und wirkte weniger imposant. Die Tragödie veränderte Munakata radikal. Seine Ideologie verhärtete sich dahingehend, Verzweiflung um jeden Preis auszulöschen, da er glaubte, selbst die kleinste Spur müsse beseitigt werden, um eine Ausbreitung zu verhindern. Dies trieb ihn dazu, die Hinrichtung von Mitgliedern der Ultimativen Verzweiflung zu befürworten, wobei er Erlösung als naiven Unsinn abtat. Er wurde kälter, autoritärer und emotional distanzierter, verschloss sich gegenüber Zuneigung. Er war Mitbegründer der Future Foundation, stieg zum Vizepräsidenten und Leiter der 2. Division auf, verwaltete Operationen und Bauprojekte und übte erheblichen Einfluss aus. Körperlich groß und schlank mit silbernem Haar, blauen Augen und blasser Haut, trug Munakata nach der Tragödie einen hellen Anzug, ein blaues Hemd und eine verblasste pinke Krawatte mit einem schwarzen Abzeichen. Im Finalen Killing Game verlor er sein rechtes Auge. Obwohl er kein kampfbezogenes Talent besaß, beherrschte er meisterhaft das Schwertfechten, was es ihm ermöglichte, sich mit Gegnern wie Peko Pekoyama (Ultimative Schwertkämpferin) und Great Gozu (Ultimativer Wrestler) auf Augenhöhe zu messen sowie andere zu besiegen, darunter Kazuo Tengan und Miaya Gekkogaharas robotisches Double. Zudem zeigte er beträchtliche Beweglichkeit und Fähigkeiten im Nahkampf. Im Finalen Killing Game im Hauptquartier der Future Foundation brach Chisa Yukizomes Tod Munakatas letzte Zurückhaltung. Überwältigt von Trauer, Paranoia, Kazuo Tengans Manipulationen und einer aggressionssteigernden Droge, stürzte er in den Wahnsinn ab. Als er Tengans Aussage, dass „jeder ein Angreifer sei“, als Beweis für weitverbreiteten Verrat interpretierte, tötete er Tengan, zerstörte Gekkogaharas Roboter und fügte Juzo Sakakura tödliche Wunden zu, als er Verrat vermutete. Seine Handlungen entsprangen der extremen Überzeugung, dass Andersdenkende oder potenzielle Träger der Verzweiflung – wie Makoto Naegi – beseitigt werden müssten, unabhängig von ihrer Unschuld. Nach dem Ende des Killing Games stellte sich Munakata den Konsequenzen. Ein Gespräch mit Makoto Naegi brachte ihn dazu, seine fehlerhafte Perspektive zu erkennen – seine einseitige Fixierung auf Verzweiflung hatte ihn für bestehende Hoffnung und die Möglichkeit der Erlösung blind gemacht. Er akzeptierte Chisas Tod und seine Liebe zu ihrem wahren Ich vollends und machte sich selbst für ihre Korruption verantwortlich. Er trauerte um Juzos Tod und erkannte seine direkte Verantwortung an. Als Sühne beschloss er, die Future Foundation zu verlassen, um seine Fehler allein zu tragen, allerdings nicht, ohne Makoto und den anderen im Kampf gegen Ryota Mitarais Gehirnwäsche-Plan zu helfen. Dieser Abschied spiegelte seine Akzeptanz der Schuld und eine Hinwendung zur Isolation als Buße wider.