Kyoko Kirigiri, Erbin einer Detektivfamilie, durchlief in ihrer Kindheit ein rigoroses Training unter ihrem Großvater Fuhito Kirigiri. Dieses Training erzwingt strikte Traditionen, die Detektivarbeit über persönliche Beziehungen stellt. Im Alter von 13 Jahren erhielt sie den offiziellen Detektivstatus mit der DSC-Nummer 919 und nahm an Fällen wie dem "Mordfall Sirius Astronomical Observatory" neben Yui Samidare teil. In der Hoffnung, die Verbindung zu ihrem entfremdeten Vater, dem Hope's Peak Academy-Direktor Jin Kirigiri, wiederherzustellen, schrieb sie sich als die Ultimative Detektivin ein.
Während des Killing School Life verbarg Kyoko zunächst ihr Detektivtalent aufgrund von Gedächtnisunterdrückung und trat als "Ultimative ???" in Erscheinung. Sie bewahrte eine stoische, analytische Art, untersuchte Morde methodisch und unterdrückte Emotionen, um objektiv zu bleiben und Gelassenheit auszustrahlen. Trotz dieser abwehrenden Natur bildete sie eine strategische Allianz mit Makoto Naegi und baute allmählich gegenseitiges Vertrauen auf. Diskussionen über ihren Vater lösten intensive Reaktionen aus, und sichtbare Bestürzung kam auf, als Alter Ego andeutete, Jin könne der Drahtzieher sein. Ein bedeutendes Trauma umfasste Verbrennungen an ihren Händen von einem Kindheitsversuch, einen Freund zu retten, was dazu führte, dass sie stets verbergende Handschuhe trug. Sie zeigte diese Narben nur denen, die sie als Familie betrachtete, und enthüllte sie schließlich Makoto.
Nach dem Killing School Life trat Kyoko der Future Foundation als Direktorin der 14. Niederlassung bei, um Überreste der Verzweiflung zu bekämpfen. Sie wurde rücksichtsvoller und ausdrucksstärker innerhalb vertrauter Kreise, ging auf Gesten wie Umarmungen oder Händchenhalten ein (manchmal ohne Handschuhe). Während sie Außenstehenden gegenüber zurückhaltend blieb, zeigte sie Loyalität gegenüber Verbündeten, insbesondere Makoto, und unterstützte ihn aktiv während Führungskonflikten innerhalb der Stiftung.
Im Future Foundation-Killingspiel trug Kyoko ein Gift injizierendes Armband, das mit einem personalisierten "NG-Code" programmiert war: Makoto überlebt über die vierte Zeitlimite hinaus. Als sie diesen Code entdeckte, hielt sie ihn absichtlich vor ihm zurück, um sein rücksichtsloses Selbstopfer zu verhindern. Sie erlag dem Gift, nachdem die vierte Zeitlimite abgelaufen war. Allerdings enthüllte die Hope Arc ihr Überleben durch medizinische Intervention von Mikan Tsumiki, ermöglicht durch die letzte Bitte des verstorbenen Koichi Kizakura. Abschließende Szenen zeigten sie lebend in der wiederaufgebauten Hope's Peak Academy, wo sie Makoto in seiner neuen Rolle als Direktor anerkannte.