Yuya Kanzaki kommt als stiller, rätselhafter Transferstudent an, dessen distanzierte Reife ihn von seinen Mitschülern abhebt. Hinter seiner undurchdringlichen Fassade verbirgt sich eine entscheidende Verbindung zum katastrophalen "Burst" – einer Katastrophe, die durch ein gescheitertes Experiment zur Erschaffung künstlichen Lebens ausgelöst wurde und die Kurobe-Schlucht vernichtete, während sie synthetische Wesen namens "Matter" freisetzte. Enthüllt als Toshihide Yura, ein Wissenschaftler, der beim Ausbruch des Burst ums Leben kam, wurde sein konserviertes Gehirn von seinem Kollegen Susumu Kurose in einen künstlichen Körper namens "Duplicate One" verpflanzt. Diese Wiedergeburt bindet ihn sowohl als Architekt als auch als Büßenden an die Krise und treibt seinen Entschluss, die Protagonistin Aiko Tachibana zum "Primary Point", dem Ursprung der Katastrophe, zu führen. Seine verschlossene Art verbirgt einen inneren Wirbel aus Reue und Zielstrebigkeit. Seine Begegnungen mit Aiko enthüllen ihre künstliche Gestalt und die Gefangenschaft ihres ursprünglichen Bewusstseins innerhalb der Matter, wodurch ihre Schicksale sich verflechten. Während er die "Divers" – Spezialisten, die die Quarantänezone durchqueren – lenkt, nutzt er sein wissenschaftliches Know-how, um Bedrohungen auszuweichen, doch seine verschwiegenen Taktiken belasten die Allianzen. Die Reise zwingt ihn, sich mit den ethischen Dilemmata künstlicher Existenz und der Last vergangener Entscheidungen auseinanderzusetzen. Sein finaler Versuch, den Burst aufzuhalten, verschmilzt mit Aikos Kampf um ihre Menschlichkeit. Obwohl die Krise endet, bleibt sein Schicksal in den Nachwehen ungewiss. Der Epilog lässt sein Ende offen, während Aikos autonomes neues Leben sein Vermächtnis widerspiegelt – ein Zeugnis der Fragilität und Erneuerung der Identität.