Kyōsuke Isazu leitet das Kiryu-Krankenhaus und führt gleichzeitig wegweisende Forschungen in der Kiryu-Biotech-Forschungseinrichtung durch, wo er mit seiner revolutionären "Carbon Nanostructure"-Technologie bahnbrechende Fortschritte im Bereich künstlichen Lebens erzielt. Seine Arbeit an synthetischen Organismen verbindet sich mit einer zutiefst persönlichen Mission: der Wiederbelebung seiner im Koma liegenden Tochter Yuzuha, deren Zustand nach einem tragischen Unfall seinen Abstieg in moralisch fragwürdige Experimente vorantreibt.  
Mitten im Chaos des "Burst"-Vorfalls entdeckt Isazu geklonte Repliken von Yuzuha in der abgeriegelten Forschungseinrichtung. Diese leeren Hüllen, ohne Bewusstsein, werden zum Mittelpunkt seiner rücksichtslosen Versuche, ihren Geist wiederherzustellen, indem er eine neurale Schnittstelle nutzt, um die Klone aus der Ferne zu manipulieren. Als die Verzweiflung wächst, instrumentalisiert er Verbündete und zwingt die Protagonistin Aiko Tachibana zu riskanten Experimenten mit dem instabilen Malignant Matter, wobei er Kollateralschäden in seinem verbissenen Streben ignoriert.  
Seine Besessenheit gipfelt in einer katastrophalen Verschmelzung seines Bewusstseins mit den Klonen, was seine Psyche überlastet, als er auf die unüberbrückbare Kluft zwischen seiner idealisierten Rettung und der düsteren Realität seiner ethischen Verfehlungen trifft. Der psychische Zusammenbruch lässt ihn ins Koma fallen – ein poetischer Zusammenbruch von Schöpfer und Schöpfung, der Yuzuhas Zustand spiegelt.  
Jahrzehntealte Bindungen zu seinen Kollegen Susumu Kurose und Akiko Nanbara, die während ihrer akademischen Jahre entstanden, zerbrechen, als Isazu seine Tochter über die Zusammenarbeit stellt und dabei moralische wie emotionale Verbindungen kappt. Seine Geschichte endet in einem andauernden Koma – ein offenes Zeugnis der Gefahren von Ambitionen, die sich von der Ethik losgelöst haben. Der Handlungsstrang verwebt elterliche Hingabe mit den Risiken wissenschaftlicher Selbstüberschätzung und stellt die Zerbrechlichkeit des Lebens dem kalten Kalkül des Fortschritts gegenüber.