Kyosuke Isazu ist der Leiter des Kiryu-Krankenhauses und ehemaliger Forscher für künstliche Lebensformen in der Kiryu-Biotech-Forschungseinrichtung, wo er auf die Entwicklung von "Carbon Nanostructure"-Technologie spezialisiert war. Sein Leben dreht sich um das Koma seiner einzigen Tochter, Yuzuha Isazu, verursacht durch einen Unfall. Dies treibt seinen verzweifelten Kampf an, einen Weg zu finden, sie wiederherzustellen, was ihn völlig vereinnahmt. Während des "Burst"-Vorfalls im Kurobe-Gorge arbeitet Isazu mit Forschern wie Susumu Kurose zusammen, doch seine Verzweiflung führt zu unethischen Experimenten. Er versucht, die außer Kontrolle geratenen synthetischen Organismen namens "Matter" zu nutzen, um Klone von Yuzuha zu erschaffen, in der Hoffnung, wieder mit ihr vereint zu sein, was ihn zu einem zentralen Antagonisten macht, dessen Handlungen die Krise verschärfen. Die direkte Verbindung zu den Yuzuha-Klonen über das Malignant-Matter-Netzwerk verursacht bei Isazu schwere mentale Traumata, verschlimmert seine Instabilität und führt zu einem vollständigen psychischen Zusammenbruch. Sein Abstieg in den Wahnsinn gipfelt, als er kritische Warnungen über seine Methoden ignoriert und deren Nutzlosigkeit und Schaden zu spät erkennt. Nach der Lösung des Burst-Vorfalls und der Auslöschung der Matter überlebt Isazu mit tiefen psychischen Narben. Er benötigt fortlaufende Pflege und Aufsicht, hauptsächlich durch seine Tochter Yuzuha und Saho, wobei seine Genesung als ein schrittweiser Prozess dargestellt wird, der langfristige Unterstützung erfordert, um das Trauma der Kontrolle über die Malignant Matter und die Folgen seiner Handlungen zu bewältigen.