Gennai Hoshimiya fungierte als Direktor der Hoshimiya-Agentur und erforschte die Umwandlung menschlicher Gedanken in Energie. Er schuf Daisy (Desire Accessible Information System), ein Programm, das mit menschlichen Wünschen interagieren, Wünsche erfüllen und übernatürliche Fähigkeiten namens Orders manifestieren sollte. Ein Jahrzehnt vor den Hauptereignissen inszenierte er die Große Zerstörung, eine globale Katastrophe, die massive Verwüstungen und Verluste an Menschenleben verursachte. Obwohl er dabei für tot gehalten wurde, überlebte er.
Seine treibende Motivation war die Erreichung universeller Harmonie und Glückseligkeit für die Menschheit. Um dies zu erreichen, plante er, ein Tor zu einer anderen Dimension zu öffnen, in der Überzeugung, dass dies alle menschlichen Wünsche erfüllen würde. Dafür musste er seine Stieftochter, Sena Hoshimiya, als Schlüssel zur Aktivierung des Tores opfern. Er akzeptierte das Risiko einer weiteren Großen Zerstörung als notwendig. Nach der anfänglichen Katastrophe übernahm er die Position des Vizepräsidenten der UN-Abteilung für öffentliche Sicherheit und nutzte diese Rolle, um seine Agenda voranzutreiben und Anhänger zu sammeln.
Gennai besaß die Order "Mind Set", die es ihm ermöglichte, Personen innerhalb eines Radius von zwei Metern zu kontrollieren. Betroffene zeigten einen sternförmigen Pupillenreflex im rechten Auge und standen auch nach Verlassen seiner Nähe weiter unter seinem Einfluss. Er nutzte diese Macht zur Manipulation, beispielsweise um Senas Einwände während einer Übertragung zu unterdrücken und sie zur Kooperation zu zwingen. Seine Persönlichkeit war von strategischem, analytischem Denken und emotionaler Distanz geprägt. Er war bereit, familiäre Bindungen auszunutzen und manipulierte seinen Sohn Eiji Hoshimiya und seine Stieftochter Sena als Werkzeuge. Trotz dieses utilitaristischen Ansatzes zeigte er schützende Tendenzen gegenüber Sena, indem er während einer Konfrontation eine Kugel auf sich nahm, um sie zu schützen, obwohl seine ultimative Loyalität seiner Vision einer perfektionierten Welt galt.
Seine Beziehung zu Eiji war antagonistisch; Eiji erkannte Gennai zunächst nicht als seinen Vater an und lehnte seine Pläne ab. Gennai betrachtete Eiji als wesentlich für seine Experimente, machte ihn für die Große Zerstörung verantwortlich und versuchte später, ihn zur Vollendung des Tores zu nutzen. Im Umgang mit Sena stand die Ausnutzung ihrer Order-Fähigkeiten und emotionalen Verwundbarkeit im Vordergrund, was durch gelegentliche schützende Handlungen kompliziert wurde. Daisy, seine Schöpfung, nannte ihn "Vater" und agierte nach seinen Anweisungen als Kommunikationssystem für Orders.
Gennais Pläne gipfelten in Heijōkyō, Nara, wo er den Prozess zur Öffnung des Tores einleitete. Dies führte zu einer Konfrontation mit Eiji und der Dazaifu-Regierungsorganisation. Während des Konflikts wurde er angeschossen, als er Sena vor einem Angriff von Yoshitsune Hiiragi schützte. In seinen letzten Momenten äußerte er Bedauern, behielt aber den Wunsch, das Ergebnis seines Experiments zu sehen, und gestand seine eigene Torheit, bevor er seinen Verletzungen erlag.