Das Mushibugyō bildet das Insektenrichteramt, das Edo vor riesigen "Mushi" beschützt. Zu den wichtigsten Mitgliedern gehört Jinbei Tsukishima, der beitritt, um die Ehre seiner Familie wiederherzustellen, nachdem sein Vater Genjuurou sich nach einem Vorfall mit Jinbei und dem Sohn eines lokalen Lords absichtlich verstümmelt hat. Dieses Ereignis treibt Jinbeis Entschlossenheit an, andere zu schützen, trotz anfänglicher Unerfahrenheit. Jinbei besitzt latente Kräfte, die sich unter extremem Druck als eine blasshäutige, weißhaarige Verwandlung manifestieren und seine Stärke steigern. Diese Fähigkeit hängt mit seiner Abstammung und seinem früheren Leben als Gottheit zusammen, der Regengebete erhörte, aber das Massaker der Dorfbewohner nicht verhindern konnte, was zu seiner menschlichen Wiedergeburt führte. Seine Kampffähigkeiten entwickeln sich von roher Entschlossenheit zur Meisterschaft der Taizangiri-Schwertkunst der Fugaku Ryuu.

Hibachi, eine weibliche Ninja mit Spezialisierung auf Sprengstoffe, strebt nach Anerkennung als Nachfolgerin ihres Großvaters, während sie mit ihrer Bewunderung für Mugai und wachsender Zuneigung zu Jinbei ringt. Sie heiratet später Jinbei. Mugai, der stärkste Krieger, führt ein Schwert, das Insektenfähigkeiten absorbiert; seine stoische Haltung verbirgt eine traumatische Vergangenheit mit der verlassenen Insektenjäger-Clan (Mushikari). Shungiku Koikawa, der ehemalige Mörder "Killer der 99", schließt sich zur Sühne an. Sein Rachefeldzug für den Tod seiner Mutter gipfelt in einer Konfrontation mit ihrem Mörder, die sein Selbstbild verändert. Tenma Ichinotani, ein junger Onmyōji, kämpft mit lähmender Insektenangst, lernt aber, Shikigami effektiv einzusetzen. Kotori Matsunohara, der rätselhafte Kommandant, greift selten direkt ein, zeigt aber bei Bedarf tödliche Schwertkunst.

Kuroageha, die Mushibugyō-Richterin, produziert tödliche Hautgifte, was sie isoliert, bis Jinbeis Güte eine Bindung fördert. Mushikari-Waffen machen ihre Kräfte vorübergehend unwirksam und verändern ihre Rolle im Konflikt. Später heiratet sie Jinbei. Oharu, die Jinbei bei seiner Ankunft in Edo trifft, unterstützt das Team durch den Teeladen ihrer Familie und entwickelt eine dauerhafte Beziehung zu ihm. Nagatomimaru, zunächst ein zurückgezogener Gelehrter, entpuppt sich als Ieshige Tokugawa, der Erbe des Shoguns; seine Freundschaft mit Jinbei erneuert sein Engagement für die Regierung.

Die Erzählung endet damit, dass Jinbei Oharu, Hibachi und Kuroageha heiratet und mit ihnen insgesamt neun Kinder zeugt, was sein Wachstum vom unerfahrenen Krieger zu einer Figur, die gesellschaftliche Grenzen überbrückt, widerspiegelt.