Jean Kirstein stammt aus dem Distrikt Trost innerhalb der Mauer Rose. Getrieben von pragmatischem Selbstschutz anstelle von Idealismus, tritt er dem 104. Ausbildungskorps bei, um in der Sicherheit der Militärpolizei-Brigade zu dienen. Er belegt den 6. Platz insgesamt und zeigt Fertigkeiten im Umgang mit vertikaler Manövrierausrüstung sowie taktischer Einschätzung. Seine frühe Persönlichkeit ist direkt, hitzköpfig und zynisch gegenüber dem Kampf der Menschheit gegen die Titanen, was zu häufigen Konflikten mit idealistischen Kameraden wie Eren Yeager führt. Er entwickelt auch eine Zuneigung zu Mikasa Ackerman, was seine Rivalität mit Eren anheizt.
Ein entscheidender Wendepunkt ereignet sich während der Schlacht um den Distrikt Trost. Angesichts der unmittelbaren Titaneninvasion und schwindender Ressourcen verfällt Jean zunächst der Verzweiflung, bevor er Mikasa dabei hilft, führungslose Kadetten für einen verzweifelten Angriff auf das Hauptquartier zu sammeln. Gezwungen, den Tod von Kameraden als Ablenkung zum Überleben auszunutzen, zeigt der Schrecken dieser Tat seine wachsende Fähigkeit zu schwierigen Führungsentscheidungen unter extremem Druck. Der traumatische Tod seines engen Freundes Marco Bott katalysiert seine Verwandlung und zwingt ihn, Marcos Glauben an sein Führungspotenzial zu ehren, indem er seine Ambitionen für die Militärpolizei aufgibt und den Erkundungstrupp beitritt.
Im Erkundungstrupp entwickelt sich Jean zu einem strategischen und besonnenen Kommandanten. Sein angeborener Pragmatismus und seine Angst, einst als Schwächen angesehen, schärfen seine Fähigkeit, Risiken einzuschätzen und das Überleben der Gruppe zu priorisieren, was während der 57. Expedition deutlich wird, als er einen Angriff auf den weiblichen Titanen koordiniert – trotz persönlicher Angst. Seine Führungsqualitäten werden formal anerkannt; er führt Trupps während kritischer Operationen wie dem Überfall auf Liberio und der Schlacht um Shiganshina. Er verlässt sich zunehmend auf Verstand statt Emotionen, folgt Armin Arlerts strategischem Denken während der Rückkehr nach Shiganshina und motiviert Eren, die Kraft des Angriffstitans zu nutzen.
Jean kämpft ständig mit der moralischen Last der Gewalt. Während er widerwillig das Töten von Feindsoldaten zum Schutz von Verbündeten akzeptiert, weigert er sich standhaft, Zivilisten oder kindliche Kämpfer zu verletzen, und lehnt Floch Forsters Taktiken in Liberio ab sowie die Hinrichtung von Gabi Braun und Falco Grice. Seine Abneigung gegen menschliche Konflikte verschärft sich während des Yeageristen-Aufstands und des Rumbling. Obwohl er die Motive der Yeageristen versteht, Paradis' Zukunft zu sichern, kann er globalen Völkermord oder das Töten ehemaliger Kameraden, die sich dagegen stellen, nicht billigen. Er spielt eine entscheidende Rolle bei der Bildung der Allianz, um Eren Yeager aufzuhalten, und opfert seinen lebenslangen Traum von Frieden und Sicherheit, gipfelnd in seiner entscheidenden Handlung, den Nacken des Ur-Titans zu sprengen, um das Rumbling zu stoppen.
Vier Jahre nach seinem Eintritt wächst Jean (190 cm), trägt einen Kinnbart und längere Haare. Während verdeckter Operationen in Marley nutzt er Anti-Personen-Manövrierausrüstung. Sein Charakterbogen endet tragisch, doch entschlossen, als er während der Endphase des Rumbling vorübergehend zu einem Titan wird; er akzeptiert sein Schicksal ohne Reue, im Wissen, dass seine Opfer die globale Vernichtung verhindert haben. Connie Springer führt später Jeans anfängliche Entscheidung, dem Erkundungstrupp beizutreten, als Inspiration an, die ihm und Sasha Blouse den Mut gab, zu folgen – ein Beleg für Jeans bleibendes Vermächtnis als unbesungener, aber entscheidender Anführer.