Shinjiro Aragaki ist ein Schüler des dritten Jahres der Gekkoukan High, der selten am Unterricht teilnimmt. Als Gründungsmitglied von SEES neben Akihiko Sanada und Mitsuru Kirijo trat er in der Mittelschule kurz nach Akihiko bei. Als Waise wuchs Shinjiro mit Akihiko im selben Waisenhaus auf und entwickelte eine tiefe Bindung. Sein markantes Aussehen umfasst ungepflegtes braunes Haar, das meist unter einer dunklen Mütze versteckt ist, stahlfarbene Augen und einen etwas dunkleren Teint als seine Altersgenossen. Ständig trägt er einen bordeauxroten Peacoat über einem Rollkragenpullover, schwarze Hosen und braune Schuhe, was aufgrund von Persona-Suppressoren notwendig ist, die seine Körpertemperaturregelung beeinträchtigen. Zwei Jahre vor den Hauptereignissen geriet Shinjiros Persona, Castor des Hierophant-Arkana, während eines Einsatzes außer Kontrolle und tötete versehentlich Ken Amadas Mutter. Von Schuld zerfressen, distanzierte er sich von SEES und begann, Persona-Suppressoren der antagonistischen Gruppe Strega zu verwenden. Diese unterdrückten seinen Persona, hatten jedoch tödliche Nebenwirkungen und fungierten als eine Art langsamer Selbstmord. Später kehrte er zu SEES zurück, in Erwartung von Kens Rachedurst, entschlossen, sich den Konsequenzen seiner Vergangenheit zu stellen. Persönlichkeitsmäßig präsentiert Shinjiro eine kalte, brutale Fassade, um andere fernzuhalten, und verbirgt tiefe Reue und einen sanfteren Kern. Er vermeidet enge Bindungen, zeigt jedoch stets Fürsorge, indem er Ken wie einen jüngeren Bruder betreut und große Sorge um Akihiko zeigt. Er hat eine Vorliebe fürs Kochen, lernt oft von Shows, und teilt eine Verbindung mit dem Hunde-Mitglied von SEES, Koromaru. Spin-off-Auftritte zeigen eine wettbewerbsorientierte Seite, besonders in Neckereien mit Akihiko, obwohl er selten zugibt, Niederlagen zu hassen. In Persona Q2: New Cinema Labyrinth identifiziert er sich mit Goro Akechis Reue und emotionaler Distanz. Seine Handlungslinie gipfelt in Persona 3 The Movie #3: Falling Down. Nachdem Ken erfährt, dass Shinjiro den Tod seiner Mutter verursacht hat, sinnt er auf Rache. Während ihres Aufeinandertreffens am 4. Oktober – dem Jahrestag des Vorfalls – greift Stregas Takaya ein und enthüllt die tödlichen Effekte der Suppressoren, um Kens Motiv zu untergraben. Als Takaya auf Ken schießt, fängt Shinjiro die Kugel ab. Als SEES eintrifft, nutzt Shinjiro seine letzten Momente, um Ken aufzufordern, ein erfülltes Leben zu führen, bevor er stirbt. Seine Beerdigung findet in der Gekkoukan High statt, wobei Akihiko auffällig fehlt. Außerhalb der Hauptgeschichte erscheint Shinjiro in verschiedenen Medien. In Persona 3 Portable kann die weibliche Hauptfigur eine Social Link mit ihm unter dem Mond-Arkana verfolgen, die sein Schicksal ändert, wenn sie vor Oktober abgeschlossen wird. Persona 3 Reload ersetzt dies durch nicht-romantische Linked Episodes, die es der Hauptfigur ermöglichen, abends mit ihm zu gärtnern oder zu kochen. Er ist spielbar in Persona Q und Q2 und erscheint in Persona 3: Dancing in Moonlight als herunterladbarer Inhalt, wobei sein Tanzstil seine zurückhaltende Volatilität durch schwere, abrupte Bewegungen und gelegentliche Pausen widerspiegelt.