Shūji Ikutsuki bekleidet die Doppelrolle als Vorsitzender des Schulvorstands der Gekkoukan High School und offizieller Berater des Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). Er präsentiert sich stets gepflegt und höflich, mit unerschütterlicher Ruhe und einem stets sanften Lächeln, das er durch absichtlich schlechte Wortspiele unterbricht, die er unabhängig vom Kontext in seinen Berichten festhält. Diese freundliche Fassade verbirgt eine kalkulierte Distanz zu den SEES-Mitgliedern, die echte Bindungen verhindert. Obwohl er kein Persona besitzt, bewegt er sich bewusst während der Dark Hour und fungiert als SEES' führende Autorität in Bezug auf deren Mechaniken und die Shadows, deren Missionen er leitet. Versteckte Überwachungstechnik in seinem Büro im Wohnheim überwacht die SEES-Mitglieder und offenbart seine heimliche Beobachtung. Ikutsuki arbeitete mit Kouetsu Kirijo, dem Großvater von Mitsuru Kirijo, zusammen und unterstützte vollständig Kirijos Mission, den Fall herbeizuführen – eine Apokalypse, in der die Entität Nyx die Menschheit auslöscht. Zehn Jahre vor den Hauptereignissen war er Mitverantwortlicher für unethische Experimente an der Gekkoukan High, bei denen Waisenkinder entführt wurden, um Persona-Erweckungen zu erzwingen. Diese Versuche kosteten die meisten Probanden das Leben; nur Jin Shirato, Takaya Sakaki und Chidori Yoshino überlebten und bildeten später die antagonistische Gruppe Strega. Die Überlebenden trugen verkürzte Lebensspannen, körperlichen Verfall und tiefe psychische Narben davon. Ikutsuki manipulierte SEES weiter, indem er eine Videobotschaft von Eiichiro Takeba, Yukari Takebas Vater, verfälschte und behauptete, die Zerstörung der zwölf Arcana-Shadows würde die Dark Hour beenden – im Widerspruch zur ursprünglichen Warnung, dass dies sie verewigen würde – um seinen Plan voranzutreiben. In *Persona 3 the Movie #3: Falling Down* verrät Ikutsuki SEES, nachdem sie das zwölfte Arcana-Shadow besiegt haben. Während der Feierlichkeiten auf Tartarus enthüllt er seinen Plan: Die Vernichtung der zwölf Shadows vereint sie zum dreizehnten Arcana, dem Tod, und beschwört Nyx herauf, um den Fall einzuleiten. Er programmiert Aigis, das android SEES-Mitglied, um das Team zu ergreifen und zu kreuzigen, während er Takeharu Kirijo mit vorgehaltener Waffe als Geisel hält. Er erklärt sich zum „Prinzen“, der die Apokalypse orchestrieren und die neue Welt als Gott regieren wird, und nennt die Verderbtheit der Menschheit als Motiv. Als Takeharu sich befreit und ihn verletzt, erwidert Ikutsuki mit einem tödlichen Schuss. Aigis, die durch ihre Bindung zum Protagonisten die Umprogrammierung widersteht, befreit SEES. In die Enge getrieben und verwundet, stürzt sich Ikutsuki lachend vom Gipfel des Tartarus und stirbt im Wahnsinn über seinen beinahen Sieg. Sein Verrat lässt die Manifestation des Todes als Ryoji Mochizuki entstehen und vertieft das psychologische Trauma innerhalb von SEES, besonders bei Mitsuru Kirijo nach dem Tod ihres Vaters. Ikutsukis Vermächtnis reicht bis zu *Persona 4 Arena Ultimax*, wo er das Waisenkind Sho Minazuki adoptierte. Er unterzog Sho brutalen Experimenten, darunter die Implantation einer Plume of Dusk, um eine Persona-Erweckung zu erzwingen. Dies spaltete Shos Psyche und erschuf eine gewalttätige Alternativpersönlichkeit, Minazuki, die Ikutsuki angriff, weil er Sho gefährdete. Ikutsukis Versuch, Minazuki zu löschen, versetzte Sho in ein Koma; er ließ Sho dann in einem Krankenhaus zurück und finanzierte dessen dauerhafte Betreuung. Diese Vergangenheit treibt Shos Rolle in *Arena Ultimax* an, wo Illusionen Ikutsukis SEES-Mitglieder heimsuchen. Sho übernimmt auch Ikutsukis Gewohnheit, unlustige Wortspiele zu machen, was seinen anhaltenden Einfluss zeigt. Das Zeichen 月 („tsuki“, „Mond“) in Ikutsukis Namen bindet ihn an die lunaren Motive von *Persona 3*, wie die Vollmond-Erscheinungen der Arcana-Shadows und die Mondgottheit Tsukiyomi. Dies kontrastiert sein nihilistisches Credo: Er bezeichnet die globale Vernichtung als Erlösung, während er nach Göttlichkeit in der neuen Welt strebt. Seine Identität als „manipulativer, nihilistischer und omnizidaler Wahnsinniger mit einem verdrehten Retterkomplex“ definiert ihn als reinen Antagonisten, dessen Einfluss über seinen Tod hinausreicht.