Isami Kondo führt die Shinsengumi an, eine Spezialpolizeitruppe, die während der Bakumatsu-Zeit in Kyoto aktiv war. Geboren als Miyagawa Katsugoro in einer Bauernfamilie in Tama, Provinz Musashi, wurde er von Kondo Shusuke, dem dritten Meister der Tennen Rishin Ryu-Schwertkampfschule, adoptiert und folgte ihm schließlich als vierter Generationenmeister nach. Diese Expertise im Schwertkampf bildet die Grundlage für seine Führung der Shinsengumi.
Er wird als charismatischer und prinzipientreuer Anführer dargestellt, der Loyalität hochhält und das Wohlergehen seiner Männer priorisiert. Seine Führung zeigt starke Verantwortung und väterliche Fürsorge, was ihm tiefen Respekt sichert. Chizuru Yukimura gegenüber zeigt er Mitgefühl, als er ihre Identität und Verbindung zum gesuchten Arzt Kodo Yukimura erfährt, und bietet ihr Schutz innerhalb der Shinsengumi an, anstatt sie zu vertreiben.
Ein entscheidender Moment ereignet sich während des Rückzugs der Shinsengumi nach militärischen Niederlagen. In Anerkennung der strategischen Notwendigkeit, das Überleben der Gruppe zu sichern, insbesondere für seinen Stellvertreter Toshizo Hijikata, entscheidet er sich bewusst, zurückzubleiben und sich den feindlichen Streitkräften zu ergeben. Dieses Selbstopfer soll den verbleibenden Mitgliedern Zeit verschaffen, sicher nach Aizu zu fliehen. Seine Gefangennahme führt zu seiner Hinrichtung durch Enthauptung. Sein Tod beeinflusst die Shinsengumi tiefgreifend, insbesondere Hijikata, und markiert einen bedeutenden Wendepunkt in der Geschichte der Gruppe.
Seine Beziehung zu Hijikata Toshizo ist besonders bedeutsam. Ihre Bindung entstand, als Kondo auf einer Reise zur Unterrichtung in Schwertkampf Hijikata durch seinen Schwager Sato Hikogoro kennenlernte. Hijikata wurde später sein Schüler im Shieikan-Dojo, was eine lebenslange enge Freundschaft begründete. Innerhalb der Shinsengumi verkörperte Kondo Stabilität und Ehre, oft im Kontrast zu Hijikatas strengerer, taktischerer Herangehensweise. Seine Abwesenheit hinterlässt nach seinem Tod eine beträchtliche Lücke in der Führung.
Kondos Vermächtnis in der Erzählung der Shinsengumi bleibt das einer grundlegenden Figur; seine Ideale und sein Opfer prägen die Handlungen und Motivationen der Gruppe noch lange nach seinem Tod.