Leutnant Tony Daugherty befehligte das Roughnecks A-01 Team an Bord des Föderations-Angriffsschiffs Alesia. Er führte das Team während der Evakuierung des belagerten Föderationsstützpunkts Fort Casey, setzte es per Dropship ein, um den Hangar zu sichern und Überlebende zu retten, darunter Mitglieder des K-12 Teams. Daugherty koordinierte die Bemühungen, sich mit den K-12-Überlebenden zu treffen, Sprengladungen zu platzieren und zum Raumschiff John A. Warden für die Evakuierung zurückzuziehen. Nach Fort Casey überprüfte Daugherty die Haftunterlagen von Major Henry Varro und äußerte Neugier über Varros Verhaftung. Als General Johnny Rico die Alesia anwies, das vermisste Schiff John A. Warden zu lokalisieren, unterstützte Daugherty den Antrag des K-12 Teams, Varro die Rettungsmission leiten zu lassen. Er informierte beide Teams und wies seine A-01-Einheit an, Captain Carmen Ibanez zur Brücke der John A. Warden zu eskortieren, während Varros Team den Maschinenraum sicherte. Nach dem Betreten der John A. Warden bewachte Daugherty Ibanez, als entdeckt wurde, dass eine Arachniden-Königin das Schiff übernommen hatte. Er starb bei der Bruchlandung des Raumschiffs auf der Erde, wahrscheinlich aufgrund der Aufprallkräfte. Später nutzten Bugs seinen Körper als physisches Medium, um mit Major Varro zu kommunizieren und die Auslieferung von Carl Jenkins zu fordern. Daugherty pflegte einen gefassten, aber harten, drillsergeantähnlichen Führungsstil. Seine Rolle während der Krise charakterisierte er mit den Worten: "Ich bin nur ein verdammter Hausmeister, der versucht, das Chaos zu beseitigen."