Lieutenant Tony Daugherty befehligte das Roughnecks A-01 Team an Bord des Föderationssternenschiffs FAS Alesia. Er bewahrte eine harte, drillsergeantähnliche Haltung und blieb während Operationen stets gefasst. Daugherty führte das A-01 Team bei der Rettung von Überlebenden des belagerten Außenpostens Fort Casey an und evakuierte das Personal des K-12 Teams. Nach der Evakuierung zog er sich mit ihnen auf die Alesia zurück. Die Asteroidenbasis wurde anschließend durch Sprengsätze seines Demolierungsspezialisten, Sergeant Mech, zerstört. Nach der Mission nahm er an einer Siegesfeier mit den Soldaten in der Umkleidekabine des Schiffs teil. Später begleitete er Captain Jonah, um Captain Carmen Ibanez mitzuteilen, dass die Alesia ihr Schiff, die John A. Warden, aufgrund dessen Kurses zur Erde nicht verfolgen könne. Während der Reise rief er die Aufzeichnungen von Major Henry Varro aus dem Schiffscomputer ab und äußerte Neugier über Varros Haftstatus. Nachdem er neue Befehle von General Johnny Rico via Übertragung von der L-6 Satellitenbasis erhalten hatte, versammelte er die Soldaten und Captain Ibanez zu einer Einsatzbesprechung. General Rico genehmigte eine Bitte des K-12 Personals, Major Varro freizulassen, um die Mission zur Lokalisierung der vermissten John A. Warden zu leiten. Daugherty und Ibanez suchten daraufhin Varro auf, der zustimmte, das Kommando zu übernehmen. Für die Enteroperation an Bord der John A. Warden führte Daugherty Team-01, bestehend aus den Soldaten Ice Blonde, Trig, Mech und Shock Jock, das die Aufgabe hatte, Captain Ibanez zur Brücke zu eskortieren. Als sie entdeckten, dass das Schiff von einer Königin-Bug überrannt worden war und die Zerstörung der Alesia durch die Waffen des gekaperten Schiffs miterlebten, schützte er Captain Ibanez vor Bug-Angriffen. Er starb während der Bruchlandung der John A. Warden, wahrscheinlich aufgrund von Aufpralltrauma. Seine Leiche wurde später von den Bugs als Medium genutzt, um mit Major Varro zu kommunizieren und Carl Jenkins' Leben zu fordern. Die meisten Mitglieder des A-01 Teams kamen ums Leben; nur Ice Blonde und Mech überlebten.