Der Kaiser behält den formellen Titel des Herrschers, nachdem die Regierung durch die Gottheit Susanoo gestürzt wurde, der die Kontrolle über Kyoto übernahm. Susanoos neues Regime gestaltete die Stadtlandschaft und die Gesellschaft grundlegend um und ersetzte die alte politische Ordnung durch seine göttliche Autorität. Während die Position des Kaisers weiterhin anerkannt wird, liegt die wahre Macht vollständig bei Susanoo und den Kräften, die die veränderte Zeitlinie aufrechterhalten.

Als Takasugi Shinsaku und Katsura Kogorou in Kyoto ankommen, erleben sie diese veränderte Realität und entdecken, dass die Regierung des Kaisers abgesetzt wurde. Ihre Mission konzentriert sich nun darauf, die Zeit zurückzusetzen, um den ursprünglichen historischen Verlauf wiederherzustellen und die legitime Autorität dem Kaiser zurückzugeben, indem sie das zeitmanipulierende Artefakt, das Susanoo ausgenutzt hat, zerstören oder kontrollieren. Dieses Artefakt, das zentral für Susanoos Usurpation und die Veränderung der Zeitlinie ist, wird zum Mittelpunkt des Konflikts. Die Zeit zurückzusetzen ist entscheidend, um Susanoos Herrschaft rückgängig zu machen und den Kaiser an seinen rechtmäßigen Platz in der Geschichte einzusetzen.

Die Rolle des Kaisers ist eng mit dem breiteren Widerstand gegen Susanoos aufgezwungene Ordnung verbunden. Obwohl spezifische Handlungen oder Maßnahmen nicht detailliert beschrieben werden, beinhalten die Bemühungen von Figuren wie Takasugi und Katsura, „ihre Nation zu retten“, inherent die Wiederherstellung der Position des Kaisers gegen die illegitime Herrschaft der Gottheit. Der Kampf gegen Susanoos Kräfte definiert diese Periode, wobei der Kaiser die rechtmäßige Ordnung symbolisiert, die wiederhergestellt werden muss.