In Dragon Ball GT durchläuft Goku eine bedeutende körperliche Veränderung, die die Handlung der Serie vorantreibt. Ungefähr fünf Jahre nach dem Ende des Kampfes gegen Majin Buu wird Goku während einer Konfrontation mit Kaiser Pilaf durch einen Wunsch an die Schwarzen Stern-Dragonballs versehentlich in das körperliche Erscheinungsbild eines Kindes zurückverwandelt. Trotz dieser jugendlichen Form ist Goku chronologisch Anfang fünfzig, obwohl seine Saiyajin-Biologie dazu führt, dass er langsamer altert als Menschen. Er behält seine stacheligen schwarzen Haare, eine ausgeprägte Muskulatur selbst in seinem kleineren Körper und seinen Saiyajin-Schwanz, der nachgewachsen ist und ein zentraler Aspekt seiner späteren Verwandlungen wird.

Was die Persönlichkeit betrifft, bleibt diese Version von Goku der gleiche reinherzige und fröhliche Kampfkünstler, der er immer war. Seine Unschuld und sein Mangel an Boshaftigkeit erlauben es ihm, auf der Kinto'un zu reiten und Techniken wie die Genki Dama einzusetzen. Die Reise bringt jedoch auch seine ernstere und verantwortungsbewusstere Seite zum Vorschein, da er sich den Konsequenzen der Handlungen seiner Freunde stellen muss. Er ist nicht mehr so naiv wie in seiner ursprünglichen Kindheit, verfügt über jahrzehntelange Kampferfahrung, Weisheit und den strategischen Verstand eines erfahrenen Kriegers. Seine Hauptmotivation verschiebt sich leicht, vom bloßen Suchen nach stärkeren Gegnern hin zum Schutz der Erde vor einem tickenden Zeitbombe. Da die Schwarzen Stern-Dragonballs nach dem Wunsch über die Galaxie verstreut wurden, muss Goku ins Weltall aufbrechen, um sie alle innerhalb eines Jahres zurückzuholen; falls ihm das nicht gelingt, wird die negative Energie, die durch den Wunsch freigesetzt wurde, die Erde explodieren lassen. Diese Mission entfacht das ursprüngliche Abenteuergefühl der Serie neu und zwingt ihn, seltsame neue Welten zu erkunden.

In der Geschichte dient Goku als zentraler Anker des Dragon Teams. Er wird von seiner Enkelin Pan und dem jugendlichen Sohn von Vegeta, Trunks, begleitet. Seine Rolle ist nicht nur die eines mächtigen Kämpfers, sondern auch die des Anführers dieser Weltraumexpedition. Er hat eine enge, lehrende Beziehung zu Pan, fungiert oft als ihr Mentor und Beschützer, obwohl ihre Sturheit häufig zu Konflikten führt. Er behält seine ikonische Rivalität und seinen Respekt für Vegeta, der auf der Erde bleibt. Seine Beziehung zu seiner Frau Chi-Chi ist durch seine plötzliche Abreise und sein verjüngtes Alter angespannt, aber sie bleibt ein Hintergrundmotivator für ihn, sicher nach Hause zurückzukehren.

Gokus Charakterentwicklung in GT ist reflektierend und körperlich. Nachdem er in Dragon Ball Z bereits verschiedene Super-Saiyajin-Stufen erreicht hat, entdeckt er einen neuen Höhepunkt der Macht. Durch die Nutzung seines nachgewachsenen Schwanzes kann er sich in einen Goldenen Riesenaffen verwandeln, wenn er Blutz-Wellen ausgesetzt ist, eine Form, die die rohe Kraft des Oozaru vereint. Die Wiedererlangung seiner Sinne in dieser Form ermöglicht es ihm, Super Saiyajin 4 zu erreichen. Diese Form verwandelt ihn zurück in einen erwachsenen Körperbau, bedeckt seinen Oberkörper mit rotem Fell und verleiht ihm immense Macht, was eine Meisterschaft sowohl seiner ursprünglichen Saiyajin-Instinkte als auch seines disziplinierten Kampfsporttrainings darstellt. Trotz seiner Kraft hat sein kindlicher Körper Schwierigkeiten, die Belastung von Super Saiyajin 3 aufrechtzuerhalten, was diese neue Form zu einer notwendigen Weiterentwicklung macht. Er führt auch den Nyoibo, den Power Pole, ein Andenken an seinen Großvater, das sich während seiner Abenteuer als nützlich erweist.

Bemerkenswerte Fähigkeiten in Dragon Ball GT umfassen mehrere einzigartige Variationen seiner klassischen Techniken. Als Super Saiyajin 4 setzt er häufig den 10x Kamehameha ein, der zehnmal stärker ist als die Standardversion. Er meistert auch den Ryuken, den Drachenfaust, einen verheerenden physischen Schlag, der die Energie eines goldenen Drachen manifestiert, um Gegner zu durchbohren. In einem Fall, als er in einer zusammenbrechenden Taschenraumdimension namens Sugoroku Space gefangen ist, demonstriert Goku seine überwältigende Kraft, indem er einen Kamehameha abfeuert, der stark genug ist, ein Loch in das Gefüge dieser Realität zu reißen, sodass er entkommen kann. Am Ende der Serie erreicht seine Macht ihren Höhepunkt, als er die Dragonballs selbst absorbiert, um den letzten Schlag gegen Omega Shenlong, den Schattendrachen, zu versetzen. Nach diesem ultimativen Kampf verlässt Goku die Erde auf dem Rücken des ursprünglichen Shenlong. Jahrhunderte später wird er kurz dabei gesehen, wie er über seine Nachkommen bei einem Kampfsportturnier wacht, was darauf hindeutet, dass er eine Form der Vergöttlichung erreicht oder sich über die sterbliche Ebene erhoben hat.