Hiroshi Umino lebt in einer Zukunft, die von riesigen Ozeanstädten dominiert wird, deren Ausbau die Meeresumwelt stark schädigt. Er überlebt eine Katastrophe, als ein Angreifer eine unfertige Stadtstruktur zerstört, die er mit seinem Freund Yamamori besucht, und sie ins Meer stürzt. Von Nami Shimaoka gerettet, erwachen sie in einem Krankenhaus ohne Erinnerung an den Vorfall.

Bei seiner Rückkehr nach Hause findet Hiroshi eine Notiz, die Namis plötzliche Abreise erklärt, bevor die Polizei ihn zur Befragung festnimmt. Die Behörden verhören ihn über ein unbekanntes Kriegsschiff, von dem er nichts weiß. Die Regierung überwacht Hiroshi, als er mit dem Zug reist, was auf anhaltendes Interesse hindeutet.

Auf der Suche nach Antworten reist Hiroshi zu einer tropischen Insel und trifft das ältere Paar, das Nami großgezogen hat. Sie enthüllen ihre Herkunft: als Säugling in einem schiffbrüchigen Boot entdeckt, das von humanoiden Meeresbewohnern dort platziert wurde. Hiroshi findet Nami später am Strand, nur damit Militärkräfte eintreffen und versuchen, sie gefangen zu nehmen. Grüne Aliens tauchen aus dem Meer auf, um sie zu beschützen, enthüllen ihre Verbindung und lassen Hiroshi verwirrt zurück.

Hiroshi wird später von diesen grünen Meeresbewohnern gefangen genommen und in eine unterwasseratlantische Stadt gebracht. Er beobachtet Meeresschnee – zerfallende organische Materie von der Oberfläche –, der den Meeresboden und Trümmer bedeckt, ein ernstes Problem für die Zivilisation. Er trifft Izanami, einen blauen Alien, der ihm mitteilt, dass Nami sicher ist und nun uralte Alienstreitkräfte gegen die Menschheit befehligt. Hiroshi sieht zu, wie Nami Kämpfe gegen menschliche Militärkräfte anführt.

Während Doktor Zelvados kritischem Angriff auf die Unterwasserzivilisation versucht Hiroshi einzugreifen, wird jedoch zurückgehalten und sediert. Er kehrt nach Hause zurück, nur um erneut von den Meeresbewohnern entführt und unter Wasser gebracht zu werden. Als Zelvado zerstörerische Raketen abfeuert, lösen sich Teile der Stadt und steigen auf. Hiroshi entkommt in einer Kapsel, sieht die Zerstörung der Stadt und Zelvados Tod durch die Alien Zeina, die ebenfalls umkommt. Überlebende Fragmente der Unterwasserzivilisation steigen in den Weltraum auf, und Hiroshi taucht auf, um den abreisenden Aliens Lebewohl zu sagen.