Shinichi Kudo, ein brillianter 16-jähriger Detektiv, der als „Heisei Holmes“ gefeiert wird, weil er komplexe Fälle löst, die selbst Profis ratlos lassen, entstammt einer Familie voller Talente: Yusaku Kudo, ein berühmter Mystery-Autor, und Yukiko Kudo, eine ehemalige Schauspielerin. Seine Kindheit, geprägt von Kriminalanalyse und literarischen Rätseln, schärfte seinen Verstand. Diese Laufbahn endet jäh, als die mysteriöse Black Organization ihn mit APTX 4869 vergiftet, einem experimentellen Gift, das seinen Körper auf das eines Sechsjährigen schrumpfen lässt. Unter dem Alias Conan Edogawa – eine Hommage an die Autoren Arthur Conan Doyle und Edogawa Rampo – versteckt er seine Identität und lebt bei seiner Jugendfreundin Ran Mouri und ihrem Vater, dem tollpatschigen Detektiv Kogoro Mouri.
Als Conan löst er heimlich Fälle, nutzt Erfindungen wie eine stimmenverändernde Krawatte, um seine Schlüsse durch Kogoro zu kommunizieren, während er nach einem Gegenmittel sucht. Sein Kinderkörper behält seine athletische Wendigkeit, sprachliche Gewandtheit und deduktive Brillanz, doch sein einst arrogantes Selbstvertrauen reift zu gelassener Entschlossenheit. Verbündete tauchen auf: Ai Haibara, eine Mitüberlebende von APTX 4869 mit wissenschaftlichem Fachwissen, und Heiji Hattori, ein Konkurrent-turned-Verbündeter aus Osaka. Gemeinsam bekämpfen sie die Bedrohung durch die Black Organization.
In *Der Fremde aus 10 Jahren später* stellt ein Prototyp-Gegenmittel Shinichi kurzzeitig in seine Teenagerform zurück und versetzt ihn in eine halluzinatorische Zukunft ein Jahrzehnt später. Hier lauert die Black Organization noch immer, und Ran, die Shinichi für verloren hält, erwägt eine Heirat mit Dr. Tomoaki Araide. Überwältigt offenbart Shinichi sein Geheimnis und fleht sie an, ihre Entscheidung zu verschieben – ein Appell, der abrupt endet, als die Vision in fiebriges Delirium zerfällt und seine Angst vor Verlassenheit und den Preis seines Doppellebens widerspiegelt.
Sein Weg ist geprägt von sich wandelnden Bindungen, besonders zu Ran, deren Vertrauen er trotz der Gefahr seiner Wahrheit zurückgewinnen will. Einst nach Ruhm strebend, priorisiert Shinichi nun den Schutz von Leben und lehnt selbstzerstörerische Impulse von Tätern vehement ab. Die unaufhaltsame Zeit – gestohlen durch das Gift, manipuliert durch Gegenmittel, verzerrt in Träumen – spiegelt seinen Kampf, seine Pflicht als Conan mit der verzweifelten Hoffnung zu vereinen, Shinichi wiederzuerwecken.