Geboren als ältester Sohn der niedrigadligen Ukitake-Familie, trug Jūshirō Ukitake die Verantwortung, fünf Brüder und zwei Schwestern zu versorgen. Im Alter von drei Jahren erkrankte er an einer tödlichen Lungenkrankheit, die sein Haar weiß färbte. Nachdem Ärzte ihn aufgegeben hatten, brachten ihn seine Eltern zum Schrein von Mimihagi im 76. östlichen Distrikt von Rukongai. Mimihagi, das sich später als der "Rechte Arm des Soul King" entpuppte, der über die "Stille" herrschte, rettete ihn symbiothisch, indem es seine erkrankten Lungen übernahm. Dies hinterließ Ukitake mit dauerhaft schwacher Gesundheit, sodass er zeitlebens unter wiederkehrenden Krankheiten und blutigem Husten litt.
Er trainierte unter Captain-Commander Yamamoto an der Shin'ō-Akademie und wurde einer ihrer ersten Absolventen neben Shunsui Kyōraku. Beide erreichten ihr Captain-Rang in der Gotei 13 früher als alle anderen Absolventen. Zusammen mit Yamamoto, Retsu Unohana und Kyōraku zählt Ukitake zu den am längsten dienenden Captains und hielt seine Position über ein Jahrhundert lang, bis zu den Ereignissen 110 Jahre vor der Hauptgeschichte. Yamamoto unterrichtete ihn persönlich und festigte so seine grundlegenden Kampf- und Führungsfähigkeiten.
Als Captain der 13. Division ernannte Ukitake Kaien Shiba zu seinem Lieutenant. Als Kais Frau Miyako im Kampf gegen ein Hollow starb, strebte Kaien nach Rache. Ukitake erlaubte ihm, das Hollow allein zu stellen, begleitet von Rukia Kuchiki. Nachdem das Hollow Kaien besessen hatte, griff Ukitake ein, wurde jedoch durch seine Krankheit behindert. Kaien durchbohrte sich schließlich selbst mit Rukias Klinge, um seine Ehre zu wahren. Ukitake weigerte sich daraufhin, einen neuen Lieutenant zu ernennen, da Kaien für ihn unersetzlich war; stattdessen übertrug er die Aufgaben den Drittsitzenden Kiyone Kotetsu und Sentarō Kotsubaki.
Ukitake spielte Schlüsselrollen in entscheidenden Ereignissen. Er widersetzte sich den Befehlen der Zentralen 46 während Rukia Kuchikis geplanter Hinrichtung und arbeitete mit Kyōraku zusammen, um das Shihōin-Schild zu entsiegeln und den Sōkyoku zu zerstören, um den Prozess zu stoppen. Später griff er ein, um Ganju Shiba und Hanatarō Yamada vor Captain Byakuya Kuchiki zu schützen. Gegen die Espada verschonte er Lilynette Gingerbuck und riet ihr, das Schlachtfeld zu verlassen.
Während des Tausendjährigen Blutkriegs wurde Ukitakes Verbindung zu Mimihagi zentral. Als er von Yhwachs Plan erfuhr, den Soul King zu töten und die Existenz zu destabilisieren, zog er sich während der Quincy-Invasion zu Mimihagis Schrein zurück. Dort leitete er das Kamikake-Ritual ein, verschmolz vollständig mit Mimihagi und wurde zum neuen Gefäß für den Rechten Arm des Soul King. Dieses Opfer stabilisierte die Realität vorübergehend, nachdem Yhwach den Soul King zerstört hatte, kostete jedoch Ukitake das Leben.
Ukitake besaß enormes Reiatsu, das es ihm ermöglichte, Yamamotos Angriffe zu widerstehen und Lilynettes Cero mühelos zu blockieren. Seine Zanpakutō, Sōgyo no Kotowari, die sich durch den Befehl "Alle Wellen, werdet mein Schild. Alle Donner, werdet meine Klinge" entfesselt, konnte energiebasierte Angriffe absorbieren und umleiten. Er beherrschte auch Kidō und half bei komplexen Operationen wie der erneuten Versiegelung des Jōkaishō und der Öffnung des Senkaimon.
Persönlich priorisierte Ukitake den Schutz anderer über Regeln oder die eigene Sicherheit. Er behandelte jeden mit Respekt, unabhängig vom Rang, und bot oft Ratschläge oder Hilfe an. Er vermied es, Kinder zu verletzen, selbst Feinde, und bewahrte die Ehre im Kampf. Seine Handlungen – die Ablehnung eines neuen Lieutenants, um weiteren Verlust zu vermeiden, und sein Selbstopfer für das kosmische Gleichgewicht – spiegelten seinen Grundsatz wider: Das Bewahren von Leben wog alles andere auf.