Dr. Juzo Oki leitet das Oki Ocean Lab als Direktor und Chefarchitekt des experimentellen U-Boots SS-99, das als Hommage an das Typ-99-Gewehr seiner Familie benannt ist. Das U-Boot ist mit einem innovativen "L-Typ-Motor" ausgestattet, der keine Strahlung emittiert, während sein revolutionäres Design in späteren Modellen nahtlose Übergänge von der Unterwassernavigation zum Flug ermöglicht. Weitere Aufrüstungen erweitern seine Fähigkeiten drei Jahrzehnte nach der Jungfernfahrt auf interstellare Reisen.

Während der Untersuchung mysteriöser Schiffswracks nahe des Japan-Grabens werden Juzo und sein Sohn Goro von einem feindlichen U-Boot des Ocean Empire überfallen. Ihr Verschwinden während der Mission löst eine Ereigniskette aus, die dazu führt, dass sein Enkel Susumu einen rätselhaften Schlüssel zur verborgenen Anlage der SS-99 erbt.

Vom Ocean Empire gefangen genommen, wird Juzo gezwungen, militärische Technologie für deren Arsenal zu entwickeln, darunter das gefürchtete Z-Typ-U-Boot mit Flugzeugträgerfähigkeiten. Diese erzwungene Zusammenarbeit stellt seine Ingenieurskunst gegen die Ambitionen von Hell Deathbird, dem skrupellosen Militärbefehlshaber des Reiches, und zeigt die Ausbeutung seines technischen Könnens.

Juzos Vermächtnis lebt in den Kernsystemen der SS-99 weiter, die bis zum Ende der Serie zu einem Raumschiff avancieren, was den bleibenden Einfluss seiner Innovationen lange nach seiner aktiven Zeit unterstreicht.