Jonathan Joestar, geboren 1868 in England als Sohn von George Joestar I und Mary Joestar, verlor seine Mutter im Säuglingsalter durch einen Kutschunfall. Diese Tragödie veranlasste seinen Vater später, Dio Brando aus einer vermeintlichen Schuld gegenüber Dios Vater zu adoptieren. Jonathans Kindheit war geprägt von Stolz, Unfug und Sanftmut, während er danach strebte, ein „wahrer Gentleman“ zu werden, obwohl er von Gleichaltrigen oft aufgrund seines aristokratischen Status ausgegrenzt wurde. Er zeigte früh Mut, als er Erina Pendleton vor Tyrannen verteidigte. Dios Ankunft verschärfte Jonathans Leiden durch systematisches Mobbing, akademische Rivalität und emotionale Manipulation, gipfelnd darin, dass Dio Erina gegen ihren Willen küsste und Jonathans Hund Danny tötete. Dies löste Jonathans ersten Sieg über Dio aus, bei dem er sah, wie die Steinmaske auf Dios Blut reagierte.
Bis 1888 studierte Jonathan Archäologie an der Hugh Hudson Academy. Als er entdeckte, dass Dio seinen kränkelnden Vater vergiftete, reiste Jonathan zur Ogre Street. Dort konfrontierte er Schläger unter der Führung von Robert E. O. Speedwagon; seine körperliche Stärke und Entschlossenheit machten Speedwagon zu einem lebenslangen Verbündeten. Sie erhielten ein Gegenmittel vom Giftlieferanten Wang Chan. Bei der Konfrontation mit Dio im Joestar-Anwesen nutzte Dio die Steinmaske mit Georges Blut und verwandelte sich in einen Vampir. Nachdem Dio George ermordet hatte, brannte Jonathan das Anwesen nieder und schien Dio dabei zu töten.
Im Krankenhaus fand Jonathan wieder mit Erina Pendleton zusammen und ihre Beziehung erneuerte sich. Während seiner Genesung traf er Will Anthonio Zeppeli, der erklärte, dass die Steinmaske Vampire erschuf, die anfällig für Sonnenenergie waren, die durch Hamon (Ripple)-Atmung kanalisiert wurde. Zeppeli trainierte Jonathan etwa eine Woche lang in Hamon und verlieh ihm Fähigkeiten wie den Zoom Punch (Armausrenkung für größere Reichweite) und Energiewurftechniken wie den Sunlight Yellow Overdrive. Diese Meisterschaft ermöglichte es Jonathan, Wang Chan, nun ein Zombie, abzuwehren.
Jonathan, Zeppeli und Speedwagon reisten nach Windknight's Lot, um Dio zu stellen, und begegneten Bedrohungen wie Jack the Ripper, den Jonathan mit Hamon-leitendem Wein als Peilsender besiegte. In Windknight's Lot setzte Dio die Zombie-Ritter Bruford und Tarkus ein. Jonathan besiegte Bruford unter Wasser mit Luftblasen für die Hamon-Atmung und erhielt Brufords Schwert „Luck and Pluck“. Tarkus überwältigte die Gruppe, bis Zeppeli sich opferte und sein verbleibendes Hamon an Jonathan übertrug. Gestärkt tötete Jonathan Tarkus.
Die finale Konfrontation fand in Dios Schloss statt. Jonathan kämpfte gegen Dio, der Hamon mit Gefrierfähigkeiten konterte. Jonathan entzündete seine Fäuste, um das Einfrieren zu umgehen, und landete einen entscheidenden Hamon-Schlag. Später, während Jonathans und Erinas Hochzeitsreise, tauchte Dio als abgetrennter Kopf wieder auf. Mit Augenlasern angreifend, durchbohrte Dio Jonathans Kehle und behinderte seine Hamon-Atmung. Jonathan nutzte sein letztes Hamon, um einen Zombie zu kontrollieren und eine Schiffsexplosion auszulösen. Er beschützte Erina und ein fremdes Baby, indem er sie in Dios Sarg als Rettungsboot sicherte, während er mit Dio auf dem sinkenden Schiff zurückblieb. Jonathan starb an seiner Kehlverletzung; Dio eignete sich seinen Körper an.
Posthum zeugte Jonathan mit Erina vor seinem Tod George Joestar II. Dios Nutzung von Jonathans Körper führte später zu den biologischen Söhnen Giorno Giovanna, Donatello Versus, Rikiel und Ungalo. Sein Vermächtnis lebte durch Nachkommen wie Joseph Joestar (Enkel) und Jotaro Kujo (Ur-Ur-Enkel) fort. Ein Alternate-Universe-Pendant, Johnny Joestar, trat in Steel Ball Run auf. Nicht-kanonisch starb eine Version aus dem 37. Universum im Roman Jorge Joestar, als er einen Zugraub durch den Dio seines Universums verhinderte.
Körperlich war Jonathan 195 cm groß mit einem äußerst muskulösen Körperbau. Als Kind trug er viktorianische Jacken, Kniehosen und Lackschuhe. Seine Erwachsenenkleidung spiegelte den Adel wider: Rugby-Outfits während der Uni, Jagdmützen und Umhänge für Ermittlungen sowie Tuniken mit Fliegen im Kampf. Spätere Adaptionen fügten das sternförmige Muttermal der Joestar-Familie auf seiner linken Schulter hinzu. Charakterlich verkörperte er Ideale gentlemanhaften Verhaltens, behandelte andere mit Respekt, es sei denn, sie erwiesen sich als böse. Schlüsselmerkmale waren innere Widerstandskraft, von Dio als „explosive Kraft“ bezeichnet, Loyalität zu Geliebten und Gnade selbst gegenüber Feinden. Er studierte die Steinmaske akademisch, ohne ihren wahren Zweck zu entdecken. Seine Kampfintelligenz erlaubte ihm, Strategien mit der Umgebung zu entwickeln, wie das Erkennen von Kohlevorkommen unter Windknight's Lot oder das Entzünden von Handschuhen gegen Dio.
Seine Fähigkeiten kombinierten natürliche Athletik mit Hamon-Meisterschaft. Vor Hamon glänzte er im Boxen und Rugby, führte mittelalterliche Waffen effektiv und zeigte Leistungen wie Sprünge mit durchbohrtem Körper. Hamon-Techniken umfassten Energieleitung durch Flüssigkeiten, Metalle und organische Materialien sowie Spezialangriffe wie Scarlet Overdrive (feuerdurchdrungen) und Turquoise Blue Overdrive (Unwassereinsatz). Posthum manifestierte sein Körper einen Stand ähnlich Hermit Purple, als Dio ihn nutzte.