Carly Witwicky tritt in der japanischen Kontinuität von *Transformers: The Headmasters* wieder als menschliche Figur auf. Verheiratet mit dem Cybertron-Botschafter der Erde, Spike Witwicky, haben sie einen Sohn namens Daniel. Bis 2011 lebt die Familie in der Autobot-Basis auf Athenia. Ihr MIT-Hintergrund umfasst Expertise in Chemie und Elektronik, doch diese Fähigkeiten finden in dieser Zeit kaum praktische Anwendung, da sie hauptsächlich als Hausfrau tätig ist. Sie widmet sich häufig häuslichen Routinen, serviert Kaffee während Autobot-Besprechungen und äußert Bedenken über die Sicherheit ihrer Familie. Als Daniel eine Mahlzeit unterbricht, um sich um außerirdische Samen zu kümmern, beobachtet sie passiv Diskussionen über die gefährliche Buridanka-Pflanze. Später hinterfragt sie Fortress Maximus' Untätigkeit während Decepticon-Angriffen auf den Mars. Während Spikes diplomatischer Gespräche mit den Decepticons werden sie und Daniel als Geiseln genommen. Als Galvatron (später als Sixshot enttarnt) verlangt, dass Daniel auf der Erde bleibt, während Spike auf Athenia arbeitet, bietet sie an, bei ihrem Sohn zu bleiben. Nach ihrer Rettung durch die Headmasters erhebt sie keinen Einwand, als Daniel sich Autobot-Missionen anschließt. Sie nimmt an Ultra Magnus' Beerdigung teil und zeigt tiefe Bestürzung, als Spike bei einem Decepticon-Angriff verletzt wird. Fortress Maximus setzt Telekinese ein, um Spikes Genesung zu unterstützen, was zu einer emotionalen Familienzusammenführung führt. Als Daniel darum bittet, zum Planeten Master zu reisen, schlägt sie vor, dass er auf Athenia bleibt, um ihre Ängste zu beruhigen, doch Spike überstimmt sie. Eine Weltraumration auf dem Planeten Daira weckt Daniels Erinnerung daran, wie sie ähnliche Mahlzeiten zubereitet. Während einer globalen Decepticon-Offensive besteigen sie und Spike einen Flug nach Santiago, der in den Anden abstürzt. Sie stürzt in eine Gletscherspalte und verliert das Bewusstsein. Daniel rettet sie und trägt sie auf seinem Rücken hinaus. Während ihrer Genesung an eine Trage gebunden, kehrt sie an Bord der Queen World nach Amerika zurück. Spike übernimmt ihre Pflege, sodass Daniel sich dem finalen Kampf gegen die Decepticons anschließen kann. Nach deren Niederlage verabschieden sie, Spike und Daniel sich von den Autobots, als diese ins All aufbrechen. In einer Manga-Handlung nach Mega Zaraks Niederlage spaziert sie mit ihrer Familie und den Autobots am Strand. Soundblaster greift an, was zu ihrer Gefangennahme durch Slugfest und Overkill führt. Daniel rettet sie schließlich.