Ken Shirogane, ein ungestümer und mutiger Junge von der Erde, wird als einer von Fünf auserwählt, um die wiedergeborenen Geister uralter Mu-Krieger zu verkörpern. Seine menschliche Tapferkeit ermöglicht es der Cyborgin Madora, den Geist des Kriegers Kein in seinen Körper zu rufen. Ohne sein Schicksal zu kennen, entdeckt Ken ein mysteriöses Mal, das ihn zusammen mit Rei Shiratori, Yozuro Shiraki, Manabushi Rokawa und Rokase Shinmu auf eine Insel führt.

Dort trifft er auf Madora und begegnet dem Geist von König Ra-Mu. Ra-Mu erklärt, dass die jüngsten Naturkatastrophen das Erwachen von Atlantis ankündigen, und enthüllt, dass Ken und die anderen Nachkommen von Mu sind, mit der Erklärung: „Alle Menschen sind Kinder von Mu.“ Als der Konflikt eskalert, vereint Ken Keins Identität und Kräfte in sich und navigiert das komplexe Wechselspiel zwischen seinem ursprünglichen Ich und der geerbten Kriegerpersönlichkeit.

Mit Zugang zu hochmodernen Raumschiffen kämpft Ken gegen die wiedererstarkten atlantischen Streitkräfte unter der Führung von Kaiserin Condra und dem erwachten Zarkon. Diese Ereignisse fallen mit dem Wiederauftauchen des Emblems von Mu zusammen, einem gewaltigen weißen Wal. Ken stellt sich dem Erbe des uralten Krieges zwischen Mu und Atlantis, der vor 30.000 Jahren beide Zivilisationen zerstörte. Seine Reise verwandelt ihn von einem gewöhnlichen Menschen in einen entscheidenden Verteidiger der Erde, der die Zerstörung durch Atlantis aufhalten soll.

Seine Taten tragen dazu bei, das entscheidende Olymphalcon-Artefakt zu finden, das von den Antagonisten gesucht wird, und Zarkons Wiedererstehen zu vereiteln. Die Erzählung umfasst Kens anfängliches Erwachen bis hin zu entscheidenden Ereignissen, einschließlich der Verwandlung des weißen Wals und der entscheidenden Schlachten gegen Atlantis.