Neji Hyūga wurde als Sohn von Hizashi Hyūga in den Nebenzweig des Hyūga-Clans hineingeboren. Im Alter von drei Jahren, als die Haupthaus-Erbin Hinata Hyūga ebenfalls drei wurde, brannte sein Onkel Hiashi Hyūga Nejis Stirn mit dem verfluchten Siegel des Hyūga-Clans, um die Unterwerfung des Nebenzweigs zu besiegeln. Neji zeigte von klein außergewöhnliches Talent für die Techniken des Clans, weshalb sein Vater die Einschränkungen durch das Siegel verabscheute. Hiashi aktivierte Hizashis verfluchtes Siegel, um ihm Schmerzen zuzufügen, sobald er diese Abneigung spürte, was Neji traumatisierte.
Kurz nach der Siegelung nutzte ein Kumo-Ninja einen Friedensvertrag, um Hinata zu entführen und die Geheimnisse des Byakugan zu stehlen. Hiashi tötete den Entführer, was die Hyūga-Affäre auslöste: Kumo forderte Hiashis Leichnam, um einen Krieg zu vermeiden. Hizashi meldete sich freiwillig als Hiashis Doppelgänger, wissend, dass sein verfluchtes Siegel beim Tod sein Byakugan zerstören würde. Zu jung, um dies zu verstehen, wuchs Neji mit dem Glauben auf, sein Vater sei gezwungen worden, für das Haupthaus zu sterben, was seinen Hass auf das Haupthaus, besonders auf Hinata, sowie seinen Glauben an eine unabänderliche Schicksal nährte.
Mit zwölf schloss Neji als bester Absolvent der Akademie ab und trat Team Guy unter Might Guy bei, neben Rock Lee und Tenten. Sein Fatalismus kollidierte mit Lees Entschlossenheit. Während der Vorrunden der Chunin-Prüfungen kämpfte Neji gegen Hinata, blockierte ihre Chakra-Punkte und hätte sie fast getötet, nachdem sie andeutete, seine Schicksalsbesessenheit entspringe innerem Leid. Ein wütender Naruto Uzumaki schwor, ihn zu besiegen.
Im Finale überwältigte Neji Naruto mit der Sanften Faust und Acht Trigramme-Technik und erklärte, das Schicksal sei unveränderlich. Naruto, der sich auf das Chakra des Neunschwänzigen Fuchses stützte, nutzte einen Schattenklon für einen entscheidenden Aufwärtshaken und besiegte ihn, wobei er argumentierte, das Schicksal könne durch eigene Wahl geändert werden. Danach offenbarte Hiashi Hizashis freiwilliges Opfer und übergab Neji einen Brief seines Vaters, der Liebe und Hoffnung auf Nejis Freiheit ausdrückte. Diese Enthüllung, kombiniert mit Narutos Sieg, führte dazu, dass Neji sich bei Hinata entschuldigte, den Fatalismus ablegte, beschloss, „niemals wieder zu verlieren“, und seinen eigenen Weg wählte.
In Teil II wurde Neji Jōnin und versöhnte sich mit dem Haupthaus, wobei er unter Hiashi trainierte. Er entwickelte einen Beschützerinstinkt für Hinata und priorisierte ihre Sicherheit. Während der Sasuke-Rettungsmission kämpfte er gegen Kidōmaru von den Vier Klängen der Schall. Obwohl Kidōmaru den toten Winkel des Byakugan ausnutzte, um ihn schwer zu verletzen, deaktivierte Neji mit Chakra-Faden-Kunais Kidōmarus Organe und siegte mit 64 Palmen, überlebte jedoch nur dank aufwändiger Operationen.
Neji nahm an entscheidenden Missionen teil: der Kazekage-Rettung, wo er ein Barrierensiegel brach und gegen Selbstklone kämpfte; der Akatsuki-Bekämpfung, wo er Shikamaru gegen Hidan und Kakuzu unterstützte; und Pains Angriff, wo er gegen den Tierpfad kämpfte. Im Vierten Shinobi-Weltkrieg, der Zweiten Division mit Hinata zugeteilt, kämpfte er erschöpft gegen Weiße Zetsu-Klone, bis Narutos Schattenklon-Verstärkung eintraf. Bei einem Angriff des Zehnschwänzigen sprang Hinata, um Naruto vor Holzspießen zu schützen, doch Neji fing sie ab und erlitt tödliche Wunden. In seinen letzten Momenten erklärte er Naruto, seine Opferung sei – wie die seines Vaters – seine eigene Wahl gewesen, und bat ihn, andere zu beschützen.
Neji meisterte das Byakugan, das ihm nahezu 360-Grad-Sicht und die Wahrnehmung von Chakra-Bahnen ermöglichte. Als Mitglied des Nebenzweigs war ihm das Erlernen fortgeschrittener Techniken verboten, doch er eignete sich Clan-Geheimnisse wie Acht Trigramme Palmen Himmelsdrehung und 64 Palmen selbst an und entwickelte eigene Varianten. Hiashi bezeichnete ihn als stärksten Hyūga aller Zeiten. Sein Sanfte-Faust-Stil zielte auf Chakra-Punkte, um innere Systeme zu stören. Er nutzte Feuer-, Wasser- und Erd-Veränderungen.
Vögel symbolisierten seinen Weg: Einst beschrieb er sich als „Käfigvogel“, gefesselt von Schicksal und Siegel. Nach seiner Wandlung bemerkte er frei fliegende Vögel. Während des Trainings beobachtete er acht Vögel, doch den in seinem toten Winkel sah er erst, nachdem er seine Grenzen überwand. Die Alliierten Shinobi-Streitkräfte ehrten ihn später mit einer Vogelformation.
In einer in *Boruto* dokumentierten Zeitreise traf Neji auf einen jungen Boruto Uzumaki. Als er Borutos Verwirrung über Naruto spürte, teilte er mit, wie Naruto sein vorbestimmtes Schicksal als Jinchūriki herausforderte, was Boruto half, sich mit seinem Vater zu versöhnen.