Joe beginnt als gewöhnlicher Filmfan und besucht häufig das Kino seines Vaters. Während einer Vorstellung mit seinem Idol Captain Blue zerstört eine bösartige Kraft die Leinwand und entführt seine Freundin Silvia ins Movieland. Verfolgt von Captain Blues Mecha, der Six Machine, findet Joe den echten Captain Blue. Der erfahrene Held schenkt Joe eine V-Watch, die ihm mit dem Aktivierungssatz "Henshin-a-Go-Go, Baby!" die Verwandlung in den Superhelden Viewtiful Joe ermöglicht. Seinen Superheldennamen erhält er während eines Kampfes mit dem Jadow-Agenten Alastor. Als dieser Joes Kampfkünste sieht, ruft er "Beautiful!" – ein Wort, das Joe als "Viewtiful" missversteht und fortan als seine heroische Identität annimmt. Joe zeigt oft eine verspielte, leicht ablenkbare Persönlichkeit, unterbricht Kämpfe für Cheeseburger und begegnet Gefahren zunächst mit Leichtigkeit. Unter Captain Blues Führung bekämpft Joe die Jadow-Organisation in verschiedenen Filmwelten, um Silvia zu retten. Seine V-Watch verleiht ihm VFX-Kräfte, die Filmtechniken nachahmen: Slow (Zeitmanipulation), Mach Speed (Supergeschwindigkeit mit Nachbildern) und Zoom In (Nahaufnahmen, die Angriffe verstärken). Diese Fähigkeiten sind entscheidend gegen diverse Gegner, von Fußsoldaten bis zu Kommandanten wie Charles III, Hulk Davidson und Gran Bruce. Joe schließt wichtige Allianzen, besonders mit Junior (Captain Blue Jr.), einem jüngeren Helden, der anfangs eifersüchtig auf Joes Status als Blues Nachfolger ist. Junior wird Joes treuer Sidekick, erhält seine eigene Verwandlung und V-Yoyo-Waffen. Joe entwickelt auch eine komplexe Rivalität mit Alastor, der vom Antagonisten zum Anti-Helden wird und Joe trotz unterschiedlicher Motive unterstützt. Nach einem Kampf verliert Alastor seine Kräfte, bietet aber weiterhin Rat, bis er sie während einer Sonnenfinsternis zurückerlangt. Ein entscheidendes Geheimnis enthüllt sich, als Joe das Jadow-Hauptquartier infiltriert und entdeckt, dass ihr "Allmächtiger Anführer" Captain Blue selbst ist. Dieser Verrat löst eine tiefe Krise aus. Blue versucht, Joe psychisch und physisch zu zerstören, was in einem gigantischen Roboterduell gipfelt: Joe steuert die Six Machine gegen Blues King Blue-Mecha. Durch die Verbündeten, die er auf seiner Quest gewonnen hat, siegt Joe und stellt Captain Blues heldenhaften Geist wieder her. Nach Jadows Niederlage erhält Silvia ihre eigene V-Watch von Captain Blue und verwandelt sich in "Go-Go Silvia" (im englischen Dub ursprünglich "Sexy Silvia") – Joes aktive Partnerin. Die Handlung eskaliert gegen die Gedow, eine Alien-Organisation unter Führung des Black Emperor, der Filme verdirbt, indem er ihre Enden ändert und Dunkelheit über Dimensionen verbreitet. Eine weitere Enthüllung zeigt, dass der Black Emperor Jet Black ist – Joes Vater und Captain Blues ehemaliger Freund – korrumpiert durch eine Black V-Watch und Black Film. Joe und Silvia befreien Jet schließlich von diesem Einfluss. Joe reift durch diese Konflikte stark. Seine anfängliche Impulsivität und Überheblichkeit weichen strategischem Denken und emotionaler Stärke, besonders nach traumatischen Ereignissen wie Juniors temporärem Opfertod, der Joes fokussierten Zorn gegen Jadow entfachte. Seine Beziehung zu Silvia entwickelt sich vom beschützenden Retter zum vertrauten Kampfpartner, was sie zu einem unschlagbaren Team gegen interdimensionale Bedrohungen macht.