Dr. Albert W. Wily ist ein brillanter Wissenschaftler und der Hauptantagonist, getrieben von einer tief verwurzelten Rivalität mit seinem ehemaligen Kollegen, Dr. Light. Diese Feindschaft rührt aus ihren akademischen Tagen her, als Dr. Lights Sicherheitsbedenken zur Absage von Wilys Forschung am Double-Gear-System führten, was anhaltenden Groll hervorrief. Seine Handlungen sind hauptsächlich von Ego und dem Wunsch motiviert, seine wissenschaftliche Überlegenheit gegenüber Dr. Light zu beweisen, nicht von Machtstreben.

Wily flieht in das reale Japan und nutzt die kulturelle und geografische Landschaft, um seine Pläne voranzutreiben. Er errichtet Operationen an Orten wie dem Mount Fuji, wo er vulkanische Energie nutzt, um Roboter wie die Magma Men zu erschaffen. Er baut groß angelegte Maschinen, die von lokalen Elementen inspiriert sind, darunter Samurai Man – zusammengesetzt aus mehreren kleineren Robotern zu einem riesigen Krieger mit einem Riesenrad-Cockpit – und den Typhoon Robot, der entwickelt wurde, um zerstörerische Wetterphänomene zu erzeugen.

Wilys Taktiken beinhalten das Manipulieren und Umprogrammieren von Robotern, wobei er Dr. Lights Robot Masters für seine Armee umfunktioniert. In Konfrontationen zeigt er Feigheit und setzt häufig Täuschung oder theatralische Fluchtmethoden ein – wie Rauchbomben und Verkleidungen –, um nach Niederlagen der Gefangennahme zu entgehen. Zum Beispiel wird Samurai Man zerstört, als ein durch einen Charge Kick beschleunigter Fußball seinen Kern zerschmettert, woraufhin Wily als Ninja verkleidet flieht.

Wily zeigt seltene Momente ohne bösartige Absicht, wie etwa seine Zurückhaltung, Dr. Light trotz ihrer Fehde körperlich zu schaden. Dennoch bleiben seine weiteren Handlungen zerstörerisch, darunter Versuche, Tokio zu erobern und Naturphänomene wie Taifune zu manipulieren. Sein Aussehen entspricht seinem klassischen Design: graues Haar in fledermausflügelartigen Spitzen, ein markanter Schnurrbart, ein weißer Laborkittel und eine rote Krawatte.