Yûta Kobayashi ist ein japanischer Fünftklässler, der mit seinen Eltern und seiner jüngeren Schwester Akane lebt. Er besitzt ein Famicom (außerhalb Japans als NES bekannt) und eine Kopie von Mega Man 5. Eines Nachts, als er bis spät spielt, vergisst er, die Konsole auszuschalten, bevor er einschläft. Diese Handlung ermöglicht es Mega Man, Dr. Wily und anderen Spielfiguren, in die reale Welt zu gelangen.

Yûta verbündet sich mit Mega Man, um Dr. Wilys Pläne zur Eroberung der realen Welt zu vereiteln. Er nimmt an Missionen teil, bietet strategische Unterstützung und hilft bei der Navigation durch reale Orte wie Tokio. Er unterstützt die Suche nach Wilys Basis am Berg Fuji und schwänzt sogar das Judotraining, um Eddie für eine entscheidende Energieauffrischung herbeizurufen. Später hilft er Akane dabei, Proto Man und Beat zu rufen, um Wilys Lavaroboter in der Nähe des Vulkans zu bekämpfen.

Yûta fungiert als kultureller Führer für Mega Man und Roll und erklärt ihnen japanische Traditionen und den Alltag. Er nimmt an Neujahrsfeiern mit Otoshidama teil, beschreibt das Setsubun-Bohnenwerfen zur Vertreibung von Oni, Hinamatsuri (Mädchentag), den Kindertag mit Koinobori-Bannern und Tanabata. Außerdem erläutert er japanische Geografie, Hochgeschwindigkeitszüge und Bildungspraktiken wie Nachhilfeschulen.

Seine familiären Interaktionen umfassen typische Geschwisterstreitereien mit Akane über das Videospiel. Seine Eltern reagieren mit Überraschung und unterschiedlicher Akzeptanz auf die außergewöhnlichen Ereignisse; Herr Kobayashi fährt Mega Man sogar nach Tokio. Yûta zeigt Verantwortungsbewusstsein und Wachstum, indem er den Missionen Vorrang vor Freizeitaktivitäten gibt und ein zunehmendes Bewusstsein für die Konsequenzen seines Handelns entwickelt.