Akemi Nakajima, ein hochbegabter Schüler der Jusho High in Tokio, glänzt in Programmierung und Okkultismus. Seine androgynen Züge – geprägt von fast schulterlangem dunklem Haar und einem schwarzen Gakuran-Uniform – erregen Bewunderung und Neid. Fälschlich der Körperverletzung durch Kyoko Takamizawa beschuldigt und von Mobbern drangsaliert, entwickelt er ein Dämonenbeschwörungsprogramm zur Rache, wodurch er unbeabsichtigt den Dämon Loki freisetzt. Anfangs überzeugt, die Kontrolle zu haben, opfert Nakajima Opfer wie seinen Lehrer Ohara, doch weigert sich, als Loki Yumiko Shirasagi, eine von ihm geliebte Transferschülerin, fordert.
Yumiko, die sich als wiedergeborene Göttin Izanami entpuppt, wird entscheidend für Nakajimas Weg. Als Loki sie tödlich verletzt, fleht Nakajima Izanami an, sie wiederzubeleben, bekämpft Yomotsu-Shikome und führt das göttliche Schwert Hi-no Kagutsuchi, um Loki zu vernichten. Dies wandelt ihn vom rachsüchtigen Antagonisten zum schuldbeladenen Protagonisten auf der Suche nach Erlösung. Sein Intellekt und Charisma ermöglichen Dämonenverhandlungen, während Kampffertigkeiten und Artefakte wie Izanamis feuerresistenter Mantel ihn gegen eskalierende Bedrohungen wie Set und Luzifer unterstützen.
Zusammen mit MIT-Professor Charles Feed entwickelt Nakajima ein Programm, um Sets Rückkehr durch Oharas Manipulationen zu vereiteln. Obwohl er Yumiko beschützt, nutzt Set sie aus, was zu einem finalen Weltraumkampf führt, in dem Nakajima sie rettet, doch die interdimensionalen Risse nicht schließen kann. Juristische Verfolgung folgt, als Luzifers Kult ihn für Morde verantwortlich macht und ihm die Todesstrafe sichert. Der Mord an seinem Vater treibt ihn in den Wahnsinn, gipfelnd darin, dass Yumiko – unter Izanamis Einfluss – ihn tötet.
Posthum wird sein Vermächtnis in holografischen Rekonstruktionen und Spin-offs erwähnt, darunter die Erfindung des Spiels *Devil Busters* und das Verschenken eines Hundes an einen zukünftigen Protagonisten. Sein Werdegang führt vom rachsüchtigen Programmierer zum tragischen Helden, verankert in seiner Verbindung zu Yumiko. Als wiedergeborener Izanagi kämpft er in kosmischen Konflikten gegen Gottheiten und verkörpert Themen wie Verantwortung und Erlösung. Seine Taten lösen Ereignisse in Fortsetzungen wie *New Digital Devil Story* aus und verweben menschliche und übernatürliche Sphären.